[Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?

Ferenc Bartha barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
2014. Jún. 2., H, 07:55:47 CEST 

Kedves Istvan!

Szegeden korabban a 13.143L verzio futott. Ebbe be volt drotozva, hogy egy ido utan ne induljon el ezzel rakenyszeritve arra, hogy csereld az ujabb verziora.
Most a 14.142L az ajanlott, ez 64bit-es es OpenMP parhuzamos. Viszont 2.6.24 kernel-lel forditottak. 
A szegedi es a budapesti gepen a kernel: 2.6.18-238.el5. Ezzel nem indul el az uj valtozat (FATAL: kernel too old).

Megoldasi lehetosegek (tippek):
1) A MPOAC FAQ-ban azt irjak, hogy nem kivannak ezen valtoztatni, a kernelt kell frissiteni.
2) Lehetseges, hogy a lejart es a legujabb verziok helyett van olyan koztes valtozat, mely meg elfut a jelenlegei kernel-lel, ezt meg kell neznem. Persze veszelyes, mert bizonyara fontos bug-okat javitottak a legujabb release-ben.
3) Eleg korulmenyes, de elvileg ki lehet konyorogni toluk a forraskodot es megprobalni leforditani az adott gepen.

Addig marad a debreceni lehetoseg.

A program openmp kornyezetben fut, azaz egy node-on. Korulmenyesen meg lehetne oldani, hogy az egy job-bol elkuldott tobb szamolas mas node-okra is szetterjedjen. En ebbe most nem vagnek bele.

Debrecenben SGE (Gridengine) utemezo megy. Ott meg nincs elszamolas, az idokorlatokat Budapesten es Szegeden a SLURM-ra valo attereskor vezettek be. Ez varhato majd Debrecenben is az atallas utan.

Lehetseges egy job-script-bol tobb szamolast inditani, ehhez egyszeru template-et irhatok, ha szukseges. Arra kell figyelni, hogy Debrecenben egy gepen maximum 12 core-t szabad hasznalni. Tehat pl. el lehet inditani 4 db 3 szalas, vagy 1 db 12 szalas, vagy 12db soros szamolast, mikozben "pe openmp 12" foglalast kell mindannyiszor tenni. 

Valojaban nem sok hasznat latom annak, hogy egy script-bol tobb szamolast indits. Ciklusban elkuldheted kulon-kulon, akarmennyit.   

ÜdvFeri
------------:
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
SZTE DNT - High Performance Computing Group
   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8. 

  ----- Original Message ----- 
  From: HORVATH, Istvan 
  To: Ferenc Bartha ; hpc-forum at listserv.niif.hu 
  Sent: Sunday, June 01, 2014 9:17 PM
  Subject: Re: [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?


  Kedves Feri,

  köszönöm a hétvégi supportot is :) Ezek szerint most csak a debreceni gépen tudok mopac-ot futtatni? Úgy látom, ott más az ütemező, mint a szegedi és a budapesti gépen.

  Itt tudok valamit állítani, azaz hogy hány node-on fusson, vagy mindent elintéz a script, amit a submopac generál? Amennyiben az alapértelmezés a párhuzamos, akkor nem is szívesen nyúlnék bele, természetesen.

  Működik amúgy, fut egy számolás. Indíthatok hirtelen 1232 számolást? Mert most annyi vár indításra.

  Az a problémánk, hogy a PRACE-pályázat a budapesti gépre szól, ahol - ugye a hetekig tartó bénázásom miatt - először most tudnám végre pörgetni a gépidőt. A szegedi gépre is van elég sok gépidőnk, de a debreceniről semmilyen infóm nincsen.

  Köszönöm még egyszer a hétvégi segítséget is. Ahogy látod, nem csak te dolgozol ilyenkor ;)

  Üdv
  Horváth István


  On 2014.05.31. 19:37, Ferenc Bartha wrote:

    Kedves Istvan!
    .
    A szegedei exe lejart, az ujat kellene berakni, de az nem mukodik a jelenlegi gepen/rendszeren.
    Ezen egyhamar nem lehet segiteni, teljes rendszer up-grade kell.

    Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a 
    /opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy a 
    kapkodasban nem sok mindent irtam el.

    Javaslom, hogy ott a bin-ben talalhato submopac script-et masold at a sajat 
    bin-edbe es akkor maris (minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.
    Tettem oda egy demo futast is a SUPPORT-ba.

    Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha nem indokolt, 
    akkor ne is vedd vissza sorosra!

    Debrecenben nem ferek hozza a masok konyvtarahoz, ha gond van, csak 
    reszletes problemajelentes utan tudok tavsegitseget adni.

    ÜdvFeri
    ------------:
    Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
    SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
    SZTE DNT - High Performance Computing Group
       6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
    SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8. 

      ----- Original Message ----- 
      From: HORVATH, Istvan 
      To: hpc-forum at listserv.niif.hu 
      Sent: Saturday, May 31, 2014 10:18 AM
      Subject: [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?


      Kedves Üzemeltetők,

      tavaly augusztusban a szegedi gépre felkerült a számunkra fontos mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor lesz elérhető a budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő igen nagy részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk maximálisan kihasználni a gépidőt. Addig is a szegedi gépen mennek a számolásaink.

      Köszönöm, üdvözlettel:
      Horváth István



      -------- Original Message -------- Subject:  [Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4, Amber12&AmberTools13 - Szeged 
            Date:  Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200 
            From:  Rőczei Gábor <roczei at niif.hu> 
            Reply-To:  szuper at niif.hu 
            To:  szuper-hirek at listserv.niif.hu 



Kedves Felhasználóink!

Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:

1) MOPAC2012

Használatba vétel:

module load MOPAC2012

Job beküldés:

submopac inputfile

További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:

submopac -h

illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:

/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT

2)  Autodock

Használatba vétel:

module load Autodock

Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:

/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT

3) Amber12&AmberTools13

Használatba vétel:

module load Amber12

Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:

/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT

Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.

Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel  vele a kapcsolatot.

Üdvözlettel,

      Rőczei Gábor

       ---o---

Dear Users!

We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:

1) MOPAC2012

Getting started:

module load MOPAC2012

Submit a job:

submopac inputfile

For further assistance you may want to run this command:

submopac -h

and check this directory:

/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT

2)  Autodock

Getting started:

module load Autodock

Further assistance you should check this directory:

/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT

3) Amber12&AmberTools13

Getting started:

module load Amber12

Further assistance you should check this directory:

/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT

In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.

I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help.  He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the  SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.

Best regards,

      Gábor Rőczei






_______________________________________________
https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek
http://www.niif.hu/szuper/






--------------------------------------------------------------------------
      _______________________________________________
      Hpc-forum mailing list
      Hpc-forum at listserv.niif.hu
      https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum


--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20140602/ce3b9e38/attachment-0001.html>

További információk a(z) Hpc-forum levelezőlistáról