[Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?
HORVATH, Istvan
horvathi at gmx.de
2014. Jún. 2., H, 18:11:54 CEST
Kedves Feri,
köszönöm a kimerítő infót. Egyelőre 60 számolásra redukáltuk a fontos
futások számát, így átmenetileg megfelel a megoldás. Aztán majd látjuk :)
- A legújabb verzióra én is a lenti üzenetet kaptam
- Forráskód igencsak drága, többtízezer dollár, erre nincs esély.
Egyenként indítom akkor a számolásokat. Attól tartottam, hogy esetleg
valamilyen pazarlás lesz a vége, hogy feleslegesen foglalok le ki nem
használt erőforrásokat.
Köszönöm még egyszer, üdv
István
On 2014.06.02. 7:55, Ferenc Bartha wrote:
> Kedves Istvan!
> Szegeden korabban a 13.143L verzio futott. Ebbe be volt drotozva, hogy
> egy ido utan ne induljon el ezzel rakenyszeritve arra, hogy csereld az
> ujabb verziora.
> Most a 14.142L az ajanlott, ez 64bit-es es OpenMP parhuzamos. Viszont
> 2.6.24 kernel-lel forditottak.
> A szegedi es a budapesti gepen a kernel: 2.6.18-238.el5. Ezzel nem
> indul el az uj valtozat (FATAL: kernel too old).
> Megoldasi lehetosegek (tippek):
> 1) A MPOAC FAQ-ban azt irjak, hogy nem kivannak ezen valtoztatni, a
> kernelt kell frissiteni.
> 2) Lehetseges, hogy a lejart es a legujabb verziok helyett van olyan
> koztes valtozat, mely meg elfut a jelenlegei kernel-lel, ezt meg kell
> neznem. Persze veszelyes, mert bizonyara fontos bug-okat javitottak a
> legujabb release-ben.
> 3) Eleg korulmenyes, de elvileg ki lehet konyorogni toluk a
> forraskodot es megprobalni leforditani az adott gepen.
> Addig marad a debreceni lehetoseg.
> A program openmp kornyezetben fut, azaz egy node-on. Korulmenyesen meg
> lehetne oldani, hogy az egy job-bol elkuldott tobb szamolas mas
> node-okra is szetterjedjen. En ebbe most nem vagnek bele.
> Debrecenben SGE (Gridengine) utemezo megy. Ott meg nincs elszamolas,
> az idokorlatokat Budapesten es Szegeden a SLURM-ra valo attereskor
> vezettek be. Ez varhato majd Debrecenben is az atallas utan.
> Lehetseges egy job-script-bol tobb szamolast inditani, ehhez egyszeru
> template-et irhatok, ha szukseges. Arra kell figyelni,
> hogy Debrecenben egy gepen maximum 12 core-t szabad hasznalni. Tehat
> pl. el lehet inditani 4 db 3 szalas, vagy 1 db 12 szalas, vagy 12db
> soros szamolast, mikozben "pe openmp 12" foglalast kell mindannyiszor
> tenni.
> Valojaban nem sok hasznat latom annak, hogy egy script-bol tobb
> szamolast indits. Ciklusban elkuldheted kulon-kulon, akarmennyit.
> ÜdvFeri
> ------------:
> Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
> <mailto:barthaf at sol.cc.u-szeged.hu>
> SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
> <http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/>
> SZTE DNT - High Performance Computing Group
> 6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
> SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>
> ----- Original Message -----
> *From:* HORVATH, Istvan <mailto:horvathi at gmx.de>
> *To:* Ferenc Bartha <mailto:barthaf at sol.cc.u-szeged.hu> ;
> hpc-forum at listserv.niif.hu <mailto:hpc-forum at listserv.niif.hu>
> *Sent:* Sunday, June 01, 2014 9:17 PM
> *Subject:* Re: [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?
>
> Kedves Feri,
>
> köszönöm a hétvégi supportot is :) Ezek szerint most csak a
> debreceni gépen tudok mopac-ot futtatni? Úgy látom, ott más az
> ütemező, mint a szegedi és a budapesti gépen.
>
> Itt tudok valamit állítani, azaz hogy hány node-on fusson, vagy
> mindent elintéz a script, amit a submopac generál? Amennyiben az
> alapértelmezés a párhuzamos, akkor nem is szívesen nyúlnék bele,
> természetesen.
>
> Működik amúgy, fut egy számolás. Indíthatok hirtelen 1232
> számolást? Mert most annyi vár indításra.
>
> Az a problémánk, hogy a PRACE-pályázat a budapesti gépre szól,
> ahol - ugye a hetekig tartó bénázásom miatt - először most tudnám
> végre pörgetni a gépidőt. A szegedi gépre is van elég sok
> gépidőnk, de a debreceniről semmilyen infóm nincsen.
>
> Köszönöm még egyszer a hétvégi segítséget is. Ahogy látod, nem
> csak te dolgozol ilyenkor ;)
>
> Üdv
> Horváth István
>
> On 2014.05.31. 19:37, Ferenc Bartha wrote:
>> Kedves Istvan!
>> .
>> A szegedei exe lejart, az ujat kellene berakni, de az nem mukodik
>> a jelenlegi gepen/rendszeren.
>> Ezen egyhamar nem lehet segiteni, teljes rendszer up-grade kell.
>> Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a
>> /opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy a
>> kapkodasban nem sok mindent irtam el.
>>
>> Javaslom, hogy ott a bin-ben talalhato submopac script-et masold
>> at a sajat
>> bin-edbe es akkor maris (minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.
>> Tettem oda egy demo futast is a SUPPORT-ba.
>>
>> Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha nem
>> indokolt,
>> akkor ne is vedd vissza sorosra!
>>
>> Debrecenben nem ferek hozza a masok konyvtarahoz, ha gond van, csak
>> reszletes problemajelentes utan tudok tavsegitseget adni.
>>
>> ÜdvFeri
>> ------------:
>> Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail:
>> barthaf at sol.cc.u-szeged.hu <mailto:barthaf at sol.cc.u-szeged.hu>
>> SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
>> <http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/>
>> SZTE DNT - High Performance Computing Group
>> 6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
>> SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>>
>> ----- Original Message -----
>> *From:* HORVATH, Istvan <mailto:horvathi at gmx.de>
>> *To:* hpc-forum at listserv.niif.hu
>> <mailto:hpc-forum at listserv.niif.hu>
>> *Sent:* Saturday, May 31, 2014 10:18 AM
>> *Subject:* [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?
>>
>> Kedves Üzemeltetők,
>>
>> tavaly augusztusban a szegedi gépre felkerült a számunkra
>> fontos mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor lesz
>> elérhető a budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő
>> igen nagy részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk
>> maximálisan kihasználni a gépidőt. Addig is a szegedi gépen
>> mennek a számolásaink.
>>
>> Köszönöm, üdvözlettel:
>> Horváth István
>>
>>
>> -------- Original Message --------
>> Subject: [Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4,
>> Amber12&AmberTools13 - Szeged
>> Date: Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200
>> From: Rőczei Gábor <roczei at niif.hu>
>> Reply-To: szuper at niif.hu
>> To: szuper-hirek at listserv.niif.hu
>>
>>
>>
>> Kedves Felhasználóink!
>>
>> Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:
>>
>> 1) MOPAC2012
>>
>> Használatba vétel:
>>
>> module load MOPAC2012
>>
>> Job beküldés:
>>
>> submopac inputfile
>>
>> További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:
>>
>> submopac -h
>>
>> illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:
>>
>> /scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
>>
>> 2) Autodock
>>
>> Használatba vétel:
>>
>> module load Autodock
>>
>> Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
>>
>> /scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
>>
>> 3) Amber12&AmberTools13
>>
>> Használatba vétel:
>>
>> module load Amber12
>>
>> Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
>>
>> /scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
>>
>> Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.
>>
>> Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel vele a kapcsolatot.
>>
>> Üdvözlettel,
>>
>> Rőczei Gábor
>>
>> ---o---
>>
>> Dear Users!
>>
>> We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:
>>
>> 1) MOPAC2012
>>
>> Getting started:
>>
>> module load MOPAC2012
>>
>> Submit a job:
>>
>> submopac inputfile
>>
>> For further assistance you may want to run this command:
>>
>> submopac -h
>>
>> and check this directory:
>>
>> /scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
>>
>> 2) Autodock
>>
>> Getting started:
>>
>> module load Autodock
>>
>> Further assistance you should check this directory:
>>
>> /scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
>>
>> 3) Amber12&AmberTools13
>>
>> Getting started:
>>
>> module load Amber12
>>
>> Further assistance you should check this directory:
>>
>> /scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
>>
>> In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.
>>
>> I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help. He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.
>>
>> Best regards,
>>
>> Gábor Rőczei
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek
>> http://www.niif.hu/szuper/
>>
>>
>>
>> ------------------------------------------------------------------------
>> _______________________________________________
>> Hpc-forum mailing list
>> Hpc-forum at listserv.niif.hu
>> https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
>>
>
--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20140602/6b343f06/attachment.html>
További információk a(z) Hpc-forum levelezőlistáról