[Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?

2014. Jún. 1., V, 21:17:48 CEST

Kedves Feri,

köszönöm a hétvégi supportot is :) Ezek szerint most csak a debreceni 
gépen tudok mopac-ot futtatni? Úgy látom, ott más az ütemező, mint a 
szegedi és a budapesti gépen.

Itt tudok valamit állítani, azaz hogy hány node-on fusson, vagy mindent 
elintéz a script, amit a submopac generál? Amennyiben az alapértelmezés 
a párhuzamos, akkor nem is szívesen nyúlnék bele, természetesen.

Működik amúgy, fut egy számolás. Indíthatok hirtelen 1232 számolást? 
Mert most annyi vár indításra.

Az a problémánk, hogy a PRACE-pályázat a budapesti gépre szól, ahol - 
ugye a hetekig tartó bénázásom miatt - először most tudnám végre 
pörgetni a gépidőt. A szegedi gépre is van elég sok gépidőnk, de a 
debreceniről semmilyen infóm nincsen.

Köszönöm még egyszer a hétvégi segítséget is. Ahogy látod, nem csak te 
dolgozol ilyenkor ;)

Üdv
Horváth István

On 2014.05.31. 19:37, Ferenc Bartha wrote:
> Kedves Istvan!
> .
> A szegedei exe lejart, az ujat kellene berakni, de az nem mukodik a 
> jelenlegi gepen/rendszeren.
> Ezen egyhamar nem lehet segiteni, teljes rendszer up-grade kell.
> Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a
> /opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy a
> kapkodasban nem sok mindent irtam el.
>
> Javaslom, hogy ott a bin-ben talalhato submopac script-et masold at a 
> sajat
> bin-edbe es akkor maris (minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.
> Tettem oda egy demo futast is a SUPPORT-ba.
>
> Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha nem 
> indokolt,
> akkor ne is vedd vissza sorosra!
>
> Debrecenben nem ferek hozza a masok konyvtarahoz, ha gond van, csak
> reszletes problemajelentes utan tudok tavsegitseget adni.
>
> ÜdvFeri
> ------------:
> Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu 
> <mailto:barthaf at sol.cc.u-szeged.hu>
> SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/ 
> <http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/>
> SZTE DNT - High Performance Computing Group
>    6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
> SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>
>     ----- Original Message -----
>     *From:* HORVATH, Istvan <mailto:horvathi at gmx.de>
>     *To:* hpc-forum at listserv.niif.hu <mailto:hpc-forum at listserv.niif.hu>
>     *Sent:* Saturday, May 31, 2014 10:18 AM
>     *Subject:* [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?
>
>     Kedves Üzemeltetők,
>
>     tavaly augusztusban a szegedi gépre felkerült a számunkra fontos
>     mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor lesz elérhető a
>     budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő igen nagy
>     részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk maximálisan
>     kihasználni a gépidőt. Addig is a szegedi gépen mennek a számolásaink.
>
>     Köszönöm, üdvözlettel:
>     Horváth István
>
>
>     -------- Original Message --------
>     Subject: 	[Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4,
>     Amber12&AmberTools13 - Szeged
>     Date: 	Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200
>     From: 	Rőczei Gábor <roczei at niif.hu>
>     Reply-To: 	szuper at niif.hu
>     To: 	szuper-hirek at listserv.niif.hu
>
>
>
>     Kedves Felhasználóink!
>
>     Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:
>
>     1) MOPAC2012
>
>     Használatba vétel:
>
>     module load MOPAC2012
>
>     Job beküldés:
>
>     submopac inputfile
>
>     További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:
>
>     submopac -h
>
>     illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:
>
>     /scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
>
>     2)  Autodock
>
>     Használatba vétel:
>
>     module load Autodock
>
>     Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
>
>     /scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
>
>     3) Amber12&AmberTools13
>
>     Használatba vétel:
>
>     module load Amber12
>
>     Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
>
>     /scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
>
>     Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.
>
>     Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel  vele a kapcsolatot.
>
>     Üdvözlettel,
>
>            Rőczei Gábor
>
>             ---o---
>
>     Dear Users!
>
>     We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:
>
>     1) MOPAC2012
>
>     Getting started:
>
>     module load MOPAC2012
>
>     Submit a job:
>
>     submopac inputfile
>
>     For further assistance you may want to run this command:
>
>     submopac -h
>
>     and check this directory:
>
>     /scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
>
>     2)  Autodock
>
>     Getting started:
>
>     module load Autodock
>
>     Further assistance you should check this directory:
>
>     /scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
>
>     3) Amber12&AmberTools13
>
>     Getting started:
>
>     module load Amber12
>
>     Further assistance you should check this directory:
>
>     /scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
>
>     In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.
>
>     I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help.  He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the  SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.
>
>     Best regards,
>
>            Gábor Rőczei
>
>
>
>
>
>
>     _______________________________________________
>     https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek
>     http://www.niif.hu/szuper/
>
>
>
>     ------------------------------------------------------------------------
>     _______________________________________________
>     Hpc-forum mailing list
>     Hpc-forum at listserv.niif.hu
>     https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
>

--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20140601/b0f90168/attachment.html>