<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=ISO-8859-2" http-equiv=Content-Type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.23588"></HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff text=#000000>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Kedves Istvan!</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Szegeden korabban a 13.143L verzio futott. Ebbe be
volt drotozva, hogy egy ido utan ne induljon el ezzel rakenyszeritve arra, hogy
csereld az ujabb verziora.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Most a 14.142L az ajanlott, ez 64bit-es es OpenMP
parhuzamos. Viszont 2.6.24 kernel-lel forditottak. </FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>A szegedi es a budapesti gepen a kernel:
2.6.18-238.el5. Ezzel nem indul el az uj valtozat (FATAL: kernel too
old).</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Megoldasi lehetosegek (tippek):</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>1) A MPOAC FAQ-ban azt irjak, hogy nem kivannak
ezen valtoztatni, a kernelt kell frissiteni.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>2) Lehetseges, hogy a lejart es a legujabb
verziok helyett van olyan koztes valtozat, mely meg elfut a jelenlegei
kernel-lel, ezt meg kell neznem. Persze veszelyes, mert bizonyara fontos
bug-okat javitottak a legujabb release-ben.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>3) Eleg korulmenyes, de elvileg ki lehet
konyorogni toluk a forraskodot es megprobalni leforditani az adott
gepen.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Addig marad a debreceni lehetoseg.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>A program openmp kornyezetben fut, azaz egy
node-on. Korulmenyesen meg lehetne oldani, hogy az egy job-bol elkuldott tobb
szamolas mas node-okra is szetterjedjen. En ebbe most nem vagnek
bele.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Debrecenben SGE (Gridengine) utemezo megy. Ott meg
nincs elszamolas, az idokorlatokat Budapesten es Szegeden a SLURM-ra valo
attereskor vezettek be. Ez varhato majd Debrecenben is az atallas
utan.</FONT></DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Lehetseges egy job-script-bol tobb szamolast
inditani, ehhez egyszeru template-et irhatok, ha szukseges. Arra kell figyelni,
hogy Debrecenben egy gepen maximum 12 core-t szabad hasznalni. Tehat pl. el
lehet inditani 4 db 3 szalas, vagy 1 db 12 szalas, vagy 12db soros szamolast,
mikozben "pe openmp 12" foglalast kell mindannyiszor tenni.</FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Valojaban nem sok hasznat latom annak, hogy egy
script-bol tobb szamolast indits. Ciklusban elkuldheted kulon-kulon,
akarmennyit. </FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>ÜdvFeri<BR>------------:<BR>Dr. Ferenc BARTHA, tel:
62/54-6821, E-mail: <A
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</A><BR>SKYPE:
ferenc.bartha, WWW: <A
href="http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</A><BR>SZTE
DNT - High Performance Computing Group<BR> 6725 Szeged, Tisza Lajos
krt. 113 (Szikra u. 2.)<BR>SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged,
Dóm tér 8. </FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT> </DIV>
<BLOCKQUOTE
style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
<DIV
style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4; font-color: black"><B>From:</B>
<A title=horvathi@gmx.de href="mailto:horvathi@gmx.de">HORVATH, Istvan</A>
</DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=barthaf@sol.cc.u-szeged.hu
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">Ferenc Bartha</A> ; <A
title=hpc-forum@listserv.niif.hu
href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu">hpc-forum@listserv.niif.hu</A> </DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Sunday, June 01, 2014 9:17 PM</DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [Hpc-forum] MOPAC2012 a
budapesti gépen?</DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial></FONT><FONT size=2
face=Arial></FONT><BR></DIV>Kedves Feri,<BR><BR>köszönöm a hétvégi supportot
is :) Ezek szerint most csak a debreceni gépen tudok mopac-ot futtatni? Úgy
látom, ott más az ütemező, mint a szegedi és a budapesti gépen.<BR><BR>Itt
tudok valamit állítani, azaz hogy hány node-on fusson, vagy mindent elintéz a
script, amit a submopac generál? Amennyiben az alapértelmezés a párhuzamos,
akkor nem is szívesen nyúlnék bele, természetesen.<BR><BR>Működik amúgy, fut
egy számolás. Indíthatok hirtelen 1232 számolást? Mert most annyi vár
indításra.<BR><BR>Az a problémánk, hogy a PRACE-pályázat a budapesti gépre
szól, ahol - ugye a hetekig tartó bénázásom miatt - először most tudnám végre
pörgetni a gépidőt. A szegedi gépre is van elég sok gépidőnk, de a
debreceniről semmilyen infóm nincsen.<BR><BR>Köszönöm még egyszer a hétvégi
segítséget is. Ahogy látod, nem csak te dolgozol ilyenkor
;)<BR><BR>Üdv<BR>Horváth István<BR><BR>
<DIV class=moz-cite-prefix>On 2014.05.31. 19:37, Ferenc Bartha
wrote:<BR></DIV>
<BLOCKQUOTE cite=mid:E667C40BD7FF4F30A01CC5334D3ECEC1@notebook type="cite">
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.23588">
<STYLE></STYLE>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Kedves Istvan!</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>A szegedei exe lejart, az ujat kellene berakni,
de az nem mukodik a jelenlegi gepen/rendszeren.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Ezen egyhamar nem lehet segiteni, teljes
rendszer up-grade kell.</FONT></DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a
<BR>/opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy a
<BR>kapkodasban nem sok mindent irtam el.<BR><BR>Javaslom, hogy ott a
bin-ben talalhato submopac script-et masold at a sajat <BR>bin-edbe es akkor
maris (minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.<BR>Tettem oda egy demo futast
is a SUPPORT-ba.<BR><BR>Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan
fut, ha nem indokolt, <BR>akkor ne is vedd vissza
sorosra!<BR><BR>Debrecenben nem ferek hozza a masok konyvtarahoz, ha gond
van, csak <BR>reszletes problemajelentes utan tudok tavsegitseget
adni.<BR><BR>ÜdvFeri<BR>------------:<BR>Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821,
E-mail: <A href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu"
moz-do-not-send="true">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</A><BR>SKYPE:
ferenc.bartha, WWW: <A href="http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/"
moz-do-not-send="true">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</A><BR>SZTE
DNT - High Performance Computing Group<BR> 6725 Szeged, Tisza
Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)<BR>SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720
Szeged, Dóm tér 8. <BR></DIV>
<BLOCKQUOTE
style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
<DIV
style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4; font-color: black"><B>From:</B>
<A title=horvathi@gmx.de href="mailto:horvathi@gmx.de"
moz-do-not-send="true">HORVATH, Istvan</A> </DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A
title=hpc-forum@listserv.niif.hu href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu"
moz-do-not-send="true">hpc-forum@listserv.niif.hu</A> </DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Saturday, May 31, 2014 10:18
AM</DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [Hpc-forum] MOPAC2012 a
budapesti gépen?</DIV>
<DIV><BR></DIV>Kedves Üzemeltetők,<BR><BR>tavaly augusztusban a szegedi
gépre felkerült a számunkra fontos mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy
mikor lesz elérhető a budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő
igen nagy részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk maximálisan
kihasználni a gépidőt. Addig is a szegedi gépen mennek a
számolásaink.<BR><BR>Köszönöm, üdvözlettel:<BR>Horváth István<BR>
<DIV class=moz-forward-container><BR><BR>-------- Original Message
--------
<TABLE class=moz-email-headers-table border=0 cellSpacing=0
cellPadding=0><TBODY>
<TR>
<TH vAlign=baseline noWrap align=right>Subject: </TH>
<TD>[Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4, Amber12&AmberTools13 -
Szeged</TD></TR>
<TR>
<TH vAlign=baseline noWrap align=right>Date: </TH>
<TD>Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200</TD></TR>
<TR>
<TH vAlign=baseline noWrap align=right>From: </TH>
<TD>Rőczei Gábor <A class=moz-txt-link-rfc2396E
href="mailto:roczei@niif.hu"
moz-do-not-send="true"><roczei@niif.hu></A></TD></TR>
<TR>
<TH vAlign=baseline noWrap align=right>Reply-To: </TH>
<TD><A class=moz-txt-link-abbreviated href="mailto:szuper@niif.hu"
moz-do-not-send="true">szuper@niif.hu</A></TD></TR>
<TR>
<TH vAlign=baseline noWrap align=right>To: </TH>
<TD><A class=moz-txt-link-abbreviated
href="mailto:szuper-hirek@listserv.niif.hu"
moz-do-not-send="true">szuper-hirek@listserv.niif.hu</A></TD></TR></TBODY></TABLE><BR><BR><PRE>Kedves Felhasználóink!
Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:
1) MOPAC2012
Használatba vétel:
module load MOPAC2012
Job beküldés:
submopac inputfile
További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:
submopac -h
illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Használatba vétel:
module load Autodock
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Használatba vétel:
module load Amber12
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.
Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel vele a kapcsolatot.
Üdvözlettel,
Rőczei Gábor
---o---
Dear Users!
We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:
1) MOPAC2012
Getting started:
module load MOPAC2012
Submit a job:
submopac inputfile
For further assistance you may want to run this command:
submopac -h
and check this directory:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Getting started:
module load Autodock
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Getting started:
module load Amber12
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.
I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help. He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.
Best regards,
Gábor Rőczei
_______________________________________________
<A class=moz-txt-link-freetext href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek" moz-do-not-send="true">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek</A>
<A class=moz-txt-link-freetext href="http://www.niif.hu/szuper/" moz-do-not-send="true">http://www.niif.hu/szuper/</A>
</PRE><BR></DIV><BR>
<P></P>
<HR>
_______________________________________________<BR>Hpc-forum mailing
list<BR><A class=moz-txt-link-abbreviated
href="mailto:Hpc-forum@listserv.niif.hu">Hpc-forum@listserv.niif.hu</A><BR><A
class=moz-txt-link-freetext
href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum</A><BR></BLOCKQUOTE></BLOCKQUOTE><BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>