[Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba

[Ferenc Bartha]

Kedves Krisztian!

Nem ertek hozza, ez csak gyanus volt.

Juniusban csinaltam egy nyilvanonak szant SIESTA csomagot Budapesten. Aztan 
nem reklamoztam, mert nem tudom kelloen tesztelni es mindig van mas keres.

Ha nem ezzel probaltad, akkor kiserletezz a 
/opt/nce/packages/global/barthaf/bin/subsiesta script-tel, illetve kreative 
az altala hasznalt installacioval.

Nagyon orulnek, ha megoldodna a problemad ezzel, hadd tudjak rola, arrol is, 
ha nem megy.

ÜdvFeri
------------:
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
SZTE DNT - High Performance Computing Group
   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.

----- Original Message ----- 
From: "Krisztián Lengyel" <lengyel.krisztian at wigner.mta.hu>
To: "Ferenc Bartha" <barthaf at sol.cc.u-szeged.hu>
Cc: <hpc-forum at listserv.niif.hu>
Sent: Monday, September 07, 2015 9:49 AM
Subject: Re: [Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba


Kedves Ferenc!

Erre én is gondoltam, de régebben  (tavasszal) hasonló számításaim
(csak más adalékkal) lefutottak, ahol is a releváns sorok:

InitMesh: MESH =   144 x   144 x   450 =     9331200
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   316.388 Ry

voltak. Ezért gondoltam, hogy nem ez okozza a hibát. Egyébként ha jól
olvastam a manualban (ennek azért még egyszer utána nézek), ilyen kis
változás a cutoff-ban nem igazán befolyásolja a végeredményt.

Köszi!
Krisztián



Ferenc Bartha <barthaf at sol.cc.u-szeged.hu> írta (2015. szeptember 7. 9:37):
> Kedves Krisztian!
> Ez gyanusan nez ki:
>>
>> InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   309.204 Ry
>
>
> ÜdvFeri
> ------------:
> Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
> SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
> SZTE DNT - High Performance Computing Group
>   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
> SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>
> ----- Original Message ----- From: "Krisztián Lengyel"
> <lengyel.krisztian at wigner.mta.hu>
> To: <hpc-forum at listserv.niif.hu>
> Sent: Monday, September 07, 2015 9:23 AM
> Subject: [Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba
>
>
>
> Tisztelt listatagok!
>
> "Egy kérdéssel szeretnék a SIESTA szoftver ismerőihez/használóihoz
> fordulni. A budapesti számítógépen végzek kristályszerkezeti
> számításokat egy 810 atomot tartalmazó szupercellán. A DM számítás,
> amivel előállítom a szerkezeti optimalizáláshoz szükséges kiindulási
> DM fájlt rendesen lefut. Ezután azonban a CG futtatásnál a "Begin CG
> move =      0" rész normálisan befejeződik (tehát a kiindulási DM fájl
> jó), azonban a  "Begin CG move =      1" résznél egyszer csak azt írja
> ki:
>
> Density Matrix sparsity pattern changed.
> InitMesh: MESH =   144 x   144 x   450 =     9331200
> InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   309.204 Ry
> 2 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)
>
> És itt a program egy segmentation fault hibával leáll. A SIESTA
> fórumon találtam egy utalást arra, hogy a program által megnyitott
> fájlok száma sajnos nagyon megnőhet és elérheti az adott gép
> engedélyezett maximumát, ami nálunk 1024. Ugyanez a hiba előállt a
> siesta/3.1-intel és a siesta/3.2-intel modulok betöltésekor is.
> Érdeklődni szeretnék, hogy találkozott-e már valaki ezzel a hibával
> vagy esetleg tudja-e, hogy mit ronthattam el?
>
> Segítségeteket előre is köszönöm!
> Lengyel Krisztián
>
> _______________________________________________
> Hpc-forum mailing list
> Hpc-forum at listserv.niif.hu
> https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum