[Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba

[Krisztián Lengyel]

Kedves Ferenc!

Erre én is gondoltam, de régebben  (tavasszal) hasonló számításaim
(csak más adalékkal) lefutottak, ahol is a releváns sorok:

InitMesh: MESH =   144 x   144 x   450 =     9331200
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   316.388 Ry

voltak. Ezért gondoltam, hogy nem ez okozza a hibát. Egyébként ha jól
olvastam a manualban (ennek azért még egyszer utána nézek), ilyen kis
változás a cutoff-ban nem igazán befolyásolja a végeredményt.

Köszi!
Krisztián



Ferenc Bartha <barthaf at sol.cc.u-szeged.hu> írta (2015. szeptember 7. 9:37):
> Kedves Krisztian!
> Ez gyanusan nez ki:
>>
>> InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   309.204 Ry
>
>
> ÜdvFeri
> ------------:
> Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
> SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
> SZTE DNT - High Performance Computing Group
>   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
> SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>
> ----- Original Message ----- From: "Krisztián Lengyel"
> <lengyel.krisztian at wigner.mta.hu>
> To: <hpc-forum at listserv.niif.hu>
> Sent: Monday, September 07, 2015 9:23 AM
> Subject: [Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba
>
>
>
> Tisztelt listatagok!
>
> "Egy kérdéssel szeretnék a SIESTA szoftver ismerőihez/használóihoz
> fordulni. A budapesti számítógépen végzek kristályszerkezeti
> számításokat egy 810 atomot tartalmazó szupercellán. A DM számítás,
> amivel előállítom a szerkezeti optimalizáláshoz szükséges kiindulási
> DM fájlt rendesen lefut. Ezután azonban a CG futtatásnál a "Begin CG
> move =      0" rész normálisan befejeződik (tehát a kiindulási DM fájl
> jó), azonban a  "Begin CG move =      1" résznél egyszer csak azt írja
> ki:
>
> Density Matrix sparsity pattern changed.
> InitMesh: MESH =   144 x   144 x   450 =     9331200
> InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   309.204 Ry
> 2 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)
>
> És itt a program egy segmentation fault hibával leáll. A SIESTA
> fórumon találtam egy utalást arra, hogy a program által megnyitott
> fájlok száma sajnos nagyon megnőhet és elérheti az adott gép
> engedélyezett maximumát, ami nálunk 1024. Ugyanez a hiba előállt a
> siesta/3.1-intel és a siesta/3.2-intel modulok betöltésekor is.
> Érdeklődni szeretnék, hogy találkozott-e már valaki ezzel a hibával
> vagy esetleg tudja-e, hogy mit ronthattam el?
>
> Segítségeteket előre is köszönöm!
> Lengyel Krisztián
>
> _______________________________________________
> Hpc-forum mailing list
> Hpc-forum at listserv.niif.hu
> https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum