[Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba

[Krisztián Lengyel]

Szia Ferenc!

Köszi a segítséget. Kipróbálom a szkripted és majd jelentkezem hogy
van-e újra hiba.

Minden jót!
Krisztián


Ferenc Bartha <barthaf at sol.cc.u-szeged.hu> írta (2015. szeptember 7. 10:04):
> Kedves Krisztian!
>
> Nem ertek hozza, ez csak gyanus volt.
>
> Juniusban csinaltam egy nyilvanonak szant SIESTA csomagot Budapesten. Aztan
> nem reklamoztam, mert nem tudom kelloen tesztelni es mindig van mas keres.
>
> Ha nem ezzel probaltad, akkor kiserletezz a
> /opt/nce/packages/global/barthaf/bin/subsiesta script-tel, illetve kreative
> az altala hasznalt installacioval.
>
> Nagyon orulnek, ha megoldodna a problemad ezzel, hadd tudjak rola, arrol is,
> ha nem megy.
>
> ÜdvFeri
> ------------:
> Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
> SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
> SZTE DNT - High Performance Computing Group
>   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
> SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>
> ----- Original Message ----- From: "Krisztián Lengyel"
> <lengyel.krisztian at wigner.mta.hu>
> To: "Ferenc Bartha" <barthaf at sol.cc.u-szeged.hu>
> Cc: <hpc-forum at listserv.niif.hu>
> Sent: Monday, September 07, 2015 9:49 AM
> Subject: Re: [Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba
>
>
>
> Kedves Ferenc!
>
> Erre én is gondoltam, de régebben  (tavasszal) hasonló számításaim
> (csak más adalékkal) lefutottak, ahol is a releváns sorok:
>
> InitMesh: MESH =   144 x   144 x   450 =     9331200
> InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   316.388 Ry
>
> voltak. Ezért gondoltam, hogy nem ez okozza a hibát. Egyébként ha jól
> olvastam a manualban (ennek azért még egyszer utána nézek), ilyen kis
> változás a cutoff-ban nem igazán befolyásolja a végeredményt.
>
> Köszi!
> Krisztián
>
>
>
> Ferenc Bartha <barthaf at sol.cc.u-szeged.hu> írta (2015. szeptember 7. 9:37):
>>
>> Kedves Krisztian!
>> Ez gyanusan nez ki:
>>>
>>>
>>> InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   309.204 Ry
>>
>>
>>
>> ÜdvFeri
>> ------------:
>> Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
>> SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
>> SZTE DNT - High Performance Computing Group
>>   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
>> SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>>
>> ----- Original Message ----- From: "Krisztián Lengyel"
>> <lengyel.krisztian at wigner.mta.hu>
>> To: <hpc-forum at listserv.niif.hu>
>> Sent: Monday, September 07, 2015 9:23 AM
>> Subject: [Hpc-forum] SIESTA segmentation fault - hiba
>>
>>
>>
>> Tisztelt listatagok!
>>
>> "Egy kérdéssel szeretnék a SIESTA szoftver ismerőihez/használóihoz
>> fordulni. A budapesti számítógépen végzek kristályszerkezeti
>> számításokat egy 810 atomot tartalmazó szupercellán. A DM számítás,
>> amivel előállítom a szerkezeti optimalizáláshoz szükséges kiindulási
>> DM fájlt rendesen lefut. Ezután azonban a CG futtatásnál a "Begin CG
>> move =      0" rész normálisan befejeződik (tehát a kiindulási DM fájl
>> jó), azonban a  "Begin CG move =      1" résznél egyszer csak azt írja
>> ki:
>>
>> Density Matrix sparsity pattern changed.
>> InitMesh: MESH =   144 x   144 x   450 =     9331200
>> InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   300.000   309.204 Ry
>> 2 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)
>>
>> És itt a program egy segmentation fault hibával leáll. A SIESTA
>> fórumon találtam egy utalást arra, hogy a program által megnyitott
>> fájlok száma sajnos nagyon megnőhet és elérheti az adott gép
>> engedélyezett maximumát, ami nálunk 1024. Ugyanez a hiba előállt a
>> siesta/3.1-intel és a siesta/3.2-intel modulok betöltésekor is.
>> Érdeklődni szeretnék, hogy találkozott-e már valaki ezzel a hibával
>> vagy esetleg tudja-e, hogy mit ronthattam el?
>>
>> Segítségeteket előre is köszönöm!
>> Lengyel Krisztián
>>
>> _______________________________________________
>> Hpc-forum mailing list
>> Hpc-forum at listserv.niif.hu
>> https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
>
>