[Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?

[Dr C. Hetenyi]

Kedves Feri!

Köszi a segítő szándékot. Az István problémája az, hogy a pesti gépen kaptunk egy DECI-s időkeretet kifejezetten a mopac futásaira, azaz ezt kifejezetten ott kell elhasználnunk. Szegeden eddig is a saját binárisát használta, most megpróbálja ezt a pestin is, amíg ott is nem lesz központilag telepítve. Erre az utóbbi (pesti) telepítésre irányult igazából a kérése.

Üdvözlettel,
Csaba




>________________________________
> From: Ferenc Bartha <barthaf at sol.cc.u-szeged.hu>
>To: "HORVATH, Istvan" <horvathi at gmx.de>; hpc-forum at listserv.niif.hu 
>Sent: Saturday, May 31, 2014 7:37 PM
>Subject: Re: [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?
> 
>
>
> 
>Kedves Istvan!
>.
>A szegedei exe lejart, az ujat kellene berakni, de 
az nem mukodik a jelenlegi gepen/rendszeren.
>Ezen egyhamar nem lehet segiteni, teljes rendszer 
up-grade kell.
> 
>Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a 
>/opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy a 
>kapkodasban nem sok mindent irtam el.
>
>Javaslom, hogy ott a bin-ben 
talalhato submopac script-et masold at a sajat 
>bin-edbe es akkor maris 
(minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.
>Tettem oda egy demo futast is a 
SUPPORT-ba.
>
>Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha 
nem indokolt, 
>akkor ne is vedd vissza sorosra!
>
>Debrecenben nem ferek 
hozza a masok konyvtarahoz, ha gond van, csak 
>reszletes 
problemajelentes utan tudok tavsegitseget 
adni.
>
>ÜdvFeri
>------------:
>Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, 
E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
>SKYPE: 
ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
>SZTE 
DNT - High Performance Computing Group
>   6725 Szeged, Tisza Lajos 
krt. 113 (Szikra u. 2.)
>SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, 
Dóm tér 8. 
>
>----- Original Message ----- 
>>From: HORVATH, Istvan 
>>To: hpc-forum at listserv.niif.hu 
>>Sent: Saturday, May 31, 2014 10:18  AM
>>Subject: [Hpc-forum] MOPAC2012 a  budapesti gépen?
>>
>>Kedves Üzemeltetők,
>>
>>tavaly augusztusban a szegedi gépre 
  felkerült a számunkra fontos mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor 
  lesz elérhető a budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő igen nagy 
  részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk maximálisan kihasználni a 
  gépidőt. Addig is a szegedi gépen mennek a számolásaink.
>>
>>Köszönöm, 
  üdvözlettel:
>>Horváth István
>>
>>
>>
>>-------- Original Message -------- 
>>Subject: [Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4, Amber12&AmberTools13 -  Szeged 
>>Date: Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200 
>>From: Rőczei Gábor <roczei at niif.hu> 
>>Reply-To: szuper at niif.hu 
>>To: szuper-hirek at listserv.niif.hu 
>>
>>
>>Kedves Felhasználóink! Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások: 1) MOPAC2012 Használatba vétel: module load MOPAC2012 Job beküldés: submopac inputfile További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni: submopac -h illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni: /scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT 2)  Autodock Használatba vétel: module load Autodock Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet: /scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT 3) Amber12&AmberTools13 Használatba vétel: module load Amber12 Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet: /scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez. Ezúton
 szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel  vele a kapcsolatot. Üdvözlettel, Rőczei Gábor ---o--- Dear Users! We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer: 1) MOPAC2012 Getting started: module load MOPAC2012 Submit a job: submopac inputfile For further assistance you may want to run this command: submopac -h and check this directory: /scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT 2)  Autodock Getting started: module load Autodock Further assistance you should check this directory: /scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT 3) Amber12&AmberTools13 Getting started: module load Amber12 Further assistance you should check this directory: /scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT In fact, two
 packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber. I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help.  He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the  SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this. Best regards, Gábor Rőczei _______________________________________________ https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek http://www.niif.hu/szuper/ 
>>
>>
>>________________________________
>> _______________________________________________
>>Hpc-forum mailing 
  list
>>Hpc-forum at listserv.niif.hu
>>https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
>>
>_______________________________________________
>Hpc-forum mailing list
>Hpc-forum at listserv.niif.hu
>https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
>
>
--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20140531/f0ea3bdf/attachment-0001.html>