<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:8pt">Kedves Feri!<br><br>Köszi a segítő szándékot. Az István problémája az, hogy a pesti gépen kaptunk egy DECI-s időkeretet kifejezetten a mopac futásaira, azaz ezt kifejezetten ott kell elhasználnunk. Szegeden eddig is a saját binárisát használta, most megpróbálja ezt a pestin is, amíg ott is nem lesz központilag telepítve. Erre az utóbbi (pesti) telepítésre irányult igazából a kérése.<br><br>Üdvözlettel,<br>Csaba<br><div>
<br></div><div><br></div><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; margin-top: 5px; padding-left: 5px;"> <div style="font-family: HelveticaNeue-Light, Helvetica Neue Light, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 8pt;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <hr size="1"> <font face="Arial" size="2"> <b><span style="font-weight:bold;">From:</span></b> Ferenc Bartha <barthaf@sol.cc.u-szeged.hu><br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> "HORVATH, Istvan" <horvathi@gmx.de>; hpc-forum@listserv.niif.hu <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Saturday, May 31, 2014 7:37 PM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?<br> </font> </div> <div class="y_msg_container"><br><div id="yiv4385654419">
<style></style>
<div>
<div><font face="Arial" size="2">Kedves Istvan!</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">.</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">A szegedei exe lejart, az ujat kellene berakni, de
az nem mukodik a jelenlegi gepen/rendszeren.</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">Ezen egyhamar nem lehet segiteni, teljes rendszer
up-grade kell.</font></div>
<div><font face="Arial" size="2"></font> </div>
<div>Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a
<br>/opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy a
<br>kapkodasban nem sok mindent irtam el.<br><br>Javaslom, hogy ott a bin-ben
talalhato submopac script-et masold at a sajat <br>bin-edbe es akkor maris
(minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.<br>Tettem oda egy demo futast is a
SUPPORT-ba.<br><br>Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha
nem indokolt, <br>akkor ne is vedd vissza sorosra!<br><br>Debrecenben nem ferek
hozza a masok konyvtarahoz, ha gond van, csak <br>reszletes
problemajelentes utan tudok tavsegitseget
adni.<br><br>ÜdvFeri<br>------------:<br>Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821,
E-mail: <a rel="nofollow" ymailto="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu" target="_blank" href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</a><br>SKYPE:
ferenc.bartha, WWW: <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</a><br>SZTE
DNT - High Performance Computing Group<br> 6725 Szeged, Tisza Lajos
krt. 113 (Szikra u. 2.)<br>SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged,
Dóm tér 8. <br></div>
<blockquote style="BORDER-LEFT:#000000 2px solid;PADDING-LEFT:5px;PADDING-RIGHT:0px;MARGIN-LEFT:5px;MARGIN-RIGHT:0px;">
<div style="FONT:10pt arial;">----- Original Message ----- </div>
<div style="FONT:10pt arial;BACKGROUND:#e4e4e4;"><b>From:</b>
<a rel="nofollow" title="horvathi@gmx.de" ymailto="mailto:horvathi@gmx.de" target="_blank" href="mailto:horvathi@gmx.de">HORVATH, Istvan</a>
</div>
<div style="FONT:10pt arial;"><b>To:</b> <a rel="nofollow" title="hpc-forum@listserv.niif.hu" ymailto="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu" target="_blank" href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu">hpc-forum@listserv.niif.hu</a> </div>
<div style="FONT:10pt arial;"><b>Sent:</b> Saturday, May 31, 2014 10:18
AM</div>
<div style="FONT:10pt arial;"><b>Subject:</b> [Hpc-forum] MOPAC2012 a
budapesti gépen?</div>
<div><br></div>Kedves Üzemeltetők,<br><br>tavaly augusztusban a szegedi gépre
felkerült a számunkra fontos mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor
lesz elérhető a budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő igen nagy
részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk maximálisan kihasználni a
gépidőt. Addig is a szegedi gépen mennek a számolásaink.<br><br>Köszönöm,
üdvözlettel:<br>Horváth István<br>
<div class="yiv4385654419moz-forward-container"><br><br>-------- Original Message --------
<table class="yiv4385654419moz-email-headers-table" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
<tbody>
<tr>
<th align="right" nowrap="" valign="baseline">Subject: </th>
<td>[Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4, Amber12&AmberTools13 -
Szeged</td></tr>
<tr>
<th align="right" nowrap="" valign="baseline">Date: </th>
<td>Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200</td></tr>
<tr>
<th align="right" nowrap="" valign="baseline">From: </th>
<td>Rőczei Gábor <a rel="nofollow" class="yiv4385654419moz-txt-link-rfc2396E" ymailto="mailto:roczei@niif.hu" target="_blank" href="mailto:roczei@niif.hu"><roczei@niif.hu></a></td></tr>
<tr>
<th align="right" nowrap="" valign="baseline">Reply-To: </th>
<td><a rel="nofollow" class="yiv4385654419moz-txt-link-abbreviated" ymailto="mailto:szuper@niif.hu" target="_blank" href="mailto:szuper@niif.hu">szuper@niif.hu</a></td></tr>
<tr>
<th align="right" nowrap="" valign="baseline">To: </th>
<td><a rel="nofollow" class="yiv4385654419moz-txt-link-abbreviated" ymailto="mailto:szuper-hirek@listserv.niif.hu" target="_blank" href="mailto:szuper-hirek@listserv.niif.hu">szuper-hirek@listserv.niif.hu</a></td></tr></tbody></table><br><br><pre>Kedves Felhasználóink!
Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:
1) MOPAC2012
Használatba vétel:
module load MOPAC2012
Job beküldés:
submopac inputfile
További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:
submopac -h
illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Használatba vétel:
module load Autodock
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Használatba vétel:
module load Amber12
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.
Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel vele a kapcsolatot.
Üdvözlettel,
Rőczei Gábor
---o---
Dear Users!
We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:
1) MOPAC2012
Getting started:
module load MOPAC2012
Submit a job:
submopac inputfile
For further assistance you may want to run this command:
submopac -h
and check this directory:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Getting started:
module load Autodock
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Getting started:
module load Amber12
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.
I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help. He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.
Best regards,
Gábor Rőczei
_______________________________________________
<a rel="nofollow" class="yiv4385654419moz-txt-link-freetext" target="_blank" href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek</a>
<a rel="nofollow" class="yiv4385654419moz-txt-link-freetext" target="_blank" href="http://www.niif.hu/szuper/">http://www.niif.hu/szuper/</a>
</pre><br></div><br>
<div>
</div><hr>
_______________________________________________<br>Hpc-forum mailing
list<br>Hpc-forum@listserv.niif.hu<br>https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum<br></blockquote></div></div><br>_______________________________________________<br>Hpc-forum mailing list<br><a ymailto="mailto:Hpc-forum@listserv.niif.hu" href="mailto:Hpc-forum@listserv.niif.hu">Hpc-forum@listserv.niif.hu</a><br><a href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum" target="_blank">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum</a><br><br></div> </div> </div> </blockquote><div></div> </div></body></html>