[Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?

[Ferenc Bartha]

Kedves Istvan!
.
A szegedei exe lejart, az ujat kellene berakni, de az nem mukodik a jelenlegi gepen/rendszeren.
Ezen egyhamar nem lehet segiteni, teljes rendszer up-grade kell.

Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a 
/opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy a 
kapkodasban nem sok mindent irtam el.

Javaslom, hogy ott a bin-ben talalhato submopac script-et masold at a sajat 
bin-edbe es akkor maris (minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.
Tettem oda egy demo futast is a SUPPORT-ba.

Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha nem indokolt, 
akkor ne is vedd vissza sorosra!

Debrecenben nem ferek hozza a masok konyvtarahoz, ha gond van, csak 
reszletes problemajelentes utan tudok tavsegitseget adni.

ÜdvFeri
------------:
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
SZTE DNT - High Performance Computing Group
   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8. 

  ----- Original Message ----- 
  From: HORVATH, Istvan 
  To: hpc-forum at listserv.niif.hu 
  Sent: Saturday, May 31, 2014 10:18 AM
  Subject: [Hpc-forum] MOPAC2012 a budapesti gépen?


  Kedves Üzemeltetők,

  tavaly augusztusban a szegedi gépre felkerült a számunkra fontos mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor lesz elérhető a budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő igen nagy részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk maximálisan kihasználni a gépidőt. Addig is a szegedi gépen mennek a számolásaink.

  Köszönöm, üdvözlettel:
  Horváth István



  -------- Original Message -------- Subject:  [Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4, Amber12&AmberTools13 - Szeged 
        Date:  Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200 
        From:  Rőczei Gábor <roczei at niif.hu> 
        Reply-To:  szuper at niif.hu 
        To:  szuper-hirek at listserv.niif.hu 



Kedves Felhasználóink!

Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:

1) MOPAC2012

Használatba vétel:

module load MOPAC2012

Job beküldés:

submopac inputfile

További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:

submopac -h

illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:

/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT

2)  Autodock

Használatba vétel:

module load Autodock

Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:

/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT

3) Amber12&AmberTools13

Használatba vétel:

module load Amber12

Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:

/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT

Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.

Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel  vele a kapcsolatot.

Üdvözlettel,

      Rőczei Gábor

       ---o---

Dear Users!

We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:

1) MOPAC2012

Getting started:

module load MOPAC2012

Submit a job:

submopac inputfile

For further assistance you may want to run this command:

submopac -h

and check this directory:

/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT

2)  Autodock

Getting started:

module load Autodock

Further assistance you should check this directory:

/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT

3) Amber12&AmberTools13

Getting started:

module load Amber12

Further assistance you should check this directory:

/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT

In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.

I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help.  He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the  SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.

Best regards,

      Gábor Rőczei






_______________________________________________
https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek
http://www.niif.hu/szuper/






------------------------------------------------------------------------------


  _______________________________________________
  Hpc-forum mailing list
  Hpc-forum at listserv.niif.hu
  https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20140531/14c93f59/attachment.html>