[Hpc-forum] SLURM utemezo es memoria OMP joboknal

2014. Május. 23., P, 11:37:52 CEST

Kedves Feri!

Koszonom a valaszt. A subg09 is mem/slot-ot hasznal, kiprobaltam. Onnan 
jottem ra, hogy miert szamlazodik tobbszoros CPU ido. Akkor egyelore a 
megoldasig hagyom igy a job-okat, valoszinuleg beleferek a havi limitbe.

Udv.,
Balazs

On 05/23/2014 11:29 AM, Ferenc Bartha wrote:
> Kedves Balazs!
> Bocsanat, igazad van!
> Korabban rakerdeztem es azt a valaszt kaptam sajnos, hogy a memoria 
> korlat mem/slot-kent, nem pedig a teljes node-ra ertendo.
> Nagyon sajnalatos es varom en is a feloldasat!
> UdvFeri
>
>     ----- Original Message -----
>     *From:* Ferenc Bartha <mailto:barthaf at physx.u-szeged.hu>
>     *To:* Balazs Nagy <mailto:bnagy at mail.bme.hu> ; HPC-Forum
>     <mailto:hpc-forum at listserv.niif.hu>
>     *Sent:* Friday, May 23, 2014 11:17 AM
>     *Subject:* Re: [Hpc-forum] SLURM utemezo es memoria OMP joboknal
>
>     Kedves Balazs!
>     Javaslom, hogy hasznald a subg08 job-kuldo scriptet! Bizom benne,
>     hogy ott ezt megoldottam, bar meg nagyon uj es nem derultek ki a
>     hibai.
>     ÜdvFeri
>     ------------:
>     Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail:
>     barthaf at sol.cc.u-szeged.hu <mailto:barthaf at sol.cc.u-szeged.hu>
>     SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
>     <http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/>
>     SZTE DNT - High Performance Computing Group
>        6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
>     SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
>
>         ----- Original Message -----
>         *From:* Balazs Nagy <mailto:bnagy at mail.bme.hu>
>         *To:* HPC-Forum <mailto:hpc-forum at listserv.niif.hu>
>         *Sent:* Friday, May 23, 2014 11:11 AM
>         *Subject:* [Hpc-forum] SLURM utemezo es memoria OMP joboknal
>
>         Tisztelt Lista!
>
>         OpenMP parhuzamositott G09 es Molpro jobokat szeretnek
>         futtatni a szegedi szupergepen a SLURM utemezovel. A G09
>         jobokat 4 vagy 6 szalon, osszesen rendre 16 vagy 24 GB
>         memoriaval, a Molpro futasokat 2 szalon, osszesen 16 GB
>         memoriaval. A runjob scriptben ezekben az esetekben a
>         /--mem-per-cpu/ ertekhez nagyobb erteket kellene megadnom,
>         mint a maximalis 2600 MB, hiszen a G09 jobokhoz ez az ertek
>         4000 MB lenne, mig a Molpro eseten 8000 MB. Ha a /--mem='mem
>         in MB'/ parametert hasznalom, es lefoglalom a szukseges teljes
>         memoriat a node-on, akkor az utemezo kiszamolja, hogy ehhez
>         mennyi CPU core szukseges, es azt foglalja le. Azaz elindultak
>         a 6 szalas G09 futasaim /--mem=30000/ parameterrel, amihez 12
>         CPU kerult foglalasra, viszont ebbol csak 6-ot hasznalok a
>         programmal. A runjob scriptem relevans resze:
>
>         #SBATCH --ntasks=1
>         #SBATCH --cpus-per-task=2
>         #SBATCH --partition=prod
>         #SBATCH --mem=20000
>
>         Az scontrol show job kimenete:
>
>         JobId=583 Name=xg_5Z_at_3Z-G0929568
>            UserId=nbalazs(11084) GroupId=nbalazs(11084)
>            Priority=10118 Account=lokalkorr QOS=normal
>            JobState=RUNNING Reason=None Dependency=(null)
>            Requeue=1 Restarts=0 BatchFlag=1 ExitCode=0:0
>            RunTime=1-00:40:45 TimeLimit=20-00:00:00 TimeMin=N/A
>            SubmitTime=2014-05-22T10:21:20 EligibleTime=2014-05-22T10:21:20
>            StartTime=2014-05-22T10:21:42 EndTime=2014-06-11T10:21:42
>            PreemptTime=None SuspendTime=None SecsPreSuspend=0
>            Partition=prod AllocNode:Sid=loginnode:8337
>            ReqNodeList=(null) ExcNodeList=(null)
>            NodeList=cn11
>            BatchHost=cn11
>         *NumNodes=1 NumCPUs=12 CPUs/Task=6* ReqS:C:T=*:*:*
>            MinCPUsNode=12 *MinMemoryNode=30000M* MinTmpDiskNode=0
>            Features=(null) Gres=(null) Reservation=(null)
>            Shared=OK Contiguous=0 Licenses=(null) Network=(null)
>            Command=/home/nbalazs/bin/G09_Run_One.sh xg_5Z_at_3Z
>            WorkDir=/fs01/home/nbalazs/JOBs/Gaussian/xg_5Z_at_3Z
>
>         Tehat a job-om OMP_NUM_THREADS=6 szalon fut, viszont a
>         szamlazasnal 12 szal  kerul elszamolasra. A Molpro eseteben
>         meg rosszabb a helyzet: 8 CPU core szamlazodik az accountomra,
>         amibol 2-t hasznalok a Molpro-val.
>         A kerdesem: Hogyan tudok a SLURM-mal tobb memoriat foglalni
>         OMP jobokhoz anelkul, hogy a CPU core-okat is foglalom hozza,
>         amiket tulajdonkeppen nem hasznalok.
>
>         Udvozlettel,
>         Nagy Balazs
>
>         -- 
>         Balazs, NAGY
>         Research Assistant
>         MTA-BME "Lendület" Quantum Chemistry Research Group
>         Department of Physical Chemistry and Materials Science
>         Budapest University of Technology and Economics
>         P.O. Box 91
>         H-1521 Budapest
>         Hungary
>         Phone: +36-1/463-1632
>
>         ------------------------------------------------------------------------
>         _______________________________________________
>         Hpc-forum mailing list
>         Hpc-forum at listserv.niif.hu
>         https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
>
>     ------------------------------------------------------------------------
>     _______________________________________________
>     Hpc-forum mailing list
>     Hpc-forum at listserv.niif.hu
>     https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
>

-- 
Balazs, NAGY
Research Assistant
MTA-BME "Lendület" Quantum Chemistry Research Group
Department of Physical Chemistry and Materials Science
Budapest University of Technology and Economics
P.O. Box 91
H-1521 Budapest
Hungary
Phone: +36-1/463-1632

--------- következ? rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20140523/dbc2ce8a/attachment.html>