[Hpc-forum] SLURM utemezo es memoria OMP joboknal

[Hornos Tamas]

On 5/23/14 11:11 AM, Balazs Nagy wrote:
> Tisztelt Lista!
>
> OpenMP parhuzamositott G09 es Molpro jobokat szeretnek futtatni a
> szegedi szupergepen a SLURM utemezovel. A G09 jobokat 4 vagy 6 szalon,
> osszesen rendre 16 vagy 24 GB memoriaval, a Molpro futasokat 2 szalon,
> osszesen 16 GB memoriaval. A runjob scriptben ezekben az esetekben a
> /--mem-per-cpu/ ertekhez nagyobb erteket kellene megadnom, mint a
> maximalis 2600 MB, hiszen a G09 jobokhoz ez az ertek 4000 MB lenne,
> mig a Molpro eseten 8000 MB. Ha a /--mem='mem in MB'/ parametert
> hasznalom, es lefoglalom a szukseges teljes memoriat a node-on, akkor
> az utemezo kiszamolja, hogy ehhez mennyi CPU core szukseges, es azt
> foglalja le. Azaz elindultak a 6 szalas G09 futasaim /--mem=30000/
> parameterrel, amihez 12 CPU kerult foglalasra, viszont ebbol csak 6-ot
> hasznalok a programmal. A runjob scriptem relevans resze:
>
Sziasztok!

A rövid válasz az, hogy nincs rá más mód. A memória a CPU-hoz hasonlóan
korlátozott, foglalható (elszámolt) erőforrás. A felhasználás mérésének
legegyszerűbb módja, ha a CPU-hoz kötjük a memória foglalást: 1 core
óra, 2600MB órának felel meg. Úgy is lehet érteni, hogy ha túlfoglalod a
memória/core-t, akkor más elől veszel el CPU-t, ezért kerül elszámolásra
a nem használt core ideje is. A memória / core arány az adott gép hw
tulajdonsága, ezen változtatni nem tudunk.

Üdv

-- 
Tamas Hornos, PhD
NIIF Institute