<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Kedves Feri!<br>
<br>
Koszonom a valaszt. A subg09 is mem/slot-ot hasznal, kiprobaltam.
Onnan jottem ra, hogy miert szamlazodik tobbszoros CPU ido. Akkor
egyelore a megoldasig hagyom igy a job-okat, valoszinuleg beleferek
a havi limitbe.<br>
<br>
Udv.,<br>
Balazs<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 05/23/2014 11:29 AM, Ferenc Bartha
wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:F8496ACAA02D43C3858BD323AE62F3B0@notebook"
type="cite">
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="content-type">
<meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.6001.23588">
<style></style>
<div><font face="Arial" size="2">Kedves Balazs!</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">Bocsanat, igazad van! </font></div>
<div><font face="Arial" size="2">Korabban rakerdeztem es azt a
valaszt kaptam sajnos, hogy a memoria korlat mem/slot-kent,
nem pedig a teljes node-ra ertendo.</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">Nagyon sajnalatos es varom en is
a feloldasat!</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">UdvFeri</font></div>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid; PADDING-LEFT:
5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<div style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </div>
<div style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4; font-color:
black"><b>From:</b> <a moz-do-not-send="true"
title="barthaf@physx.u-szeged.hu"
href="mailto:barthaf@physx.u-szeged.hu">Ferenc Bartha</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>To:</b> <a
moz-do-not-send="true" title="bnagy@mail.bme.hu"
href="mailto:bnagy@mail.bme.hu">Balazs Nagy</a> ; <a
moz-do-not-send="true" title="hpc-forum@listserv.niif.hu"
href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu">HPC-Forum</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Sent:</b> Friday, May 23, 2014
11:17 AM</div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Subject:</b> Re: [Hpc-forum]
SLURM utemezo es memoria OMP joboknal</div>
<div><br>
</div>
<div><font face="Arial" size="2">Kedves Balazs!</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">Javaslom, hogy hasznald a
subg08 job-kuldo scriptet! Bizom benne, hogy ott ezt
megoldottam, bar meg nagyon uj es nem derultek ki a hibai.</font></div>
<div><font face="Arial" size="2">ÜdvFeri<br>
------------:<br>
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: <a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</a><br>
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</a><br>
SZTE DNT - High Performance Computing Group<br>
6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)<br>
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér
8. </font></div>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid; PADDING-LEFT:
5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<div style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </div>
<div style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4; font-color:
black"><b>From:</b> <a moz-do-not-send="true"
title="bnagy@mail.bme.hu" href="mailto:bnagy@mail.bme.hu">Balazs
Nagy</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>To:</b> <a
moz-do-not-send="true" title="hpc-forum@listserv.niif.hu"
href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu">HPC-Forum</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Sent:</b> Friday, May 23,
2014 11:11 AM</div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Subject:</b> [Hpc-forum]
SLURM utemezo es memoria OMP joboknal</div>
<div><br>
</div>
Tisztelt Lista!<br>
<br>
OpenMP parhuzamositott G09 es Molpro jobokat szeretnek
futtatni a szegedi szupergepen a SLURM utemezovel. A G09
jobokat 4 vagy 6 szalon, osszesen rendre 16 vagy 24 GB
memoriaval, a Molpro futasokat 2 szalon, osszesen 16 GB
memoriaval. A runjob scriptben ezekben az esetekben a <i>--mem-per-cpu</i>
ertekhez nagyobb erteket kellene megadnom, mint a maximalis
2600 MB, hiszen a G09 jobokhoz ez az ertek 4000 MB lenne, mig
a Molpro eseten 8000 MB. Ha a <i>--mem='mem in MB'</i>
parametert hasznalom, es lefoglalom a szukseges teljes
memoriat a node-on, akkor az utemezo kiszamolja, hogy ehhez
mennyi CPU core szukseges, es azt foglalja le. Azaz elindultak
a 6 szalas G09 futasaim <i>--mem=30000</i> parameterrel,
amihez 12 CPU kerult foglalasra, viszont ebbol csak 6-ot
hasznalok a programmal. A runjob scriptem relevans resze:<br>
<br>
<font face="Courier New, Courier, monospace">#SBATCH
--ntasks=1<br>
#SBATCH --cpus-per-task=2<br>
#SBATCH --partition=prod<br>
#SBATCH --mem=20000</font><br>
<br>
Az scontrol show job kimenete:<br>
<br>
<font face="Courier New, Courier, monospace">JobId=583
Name=xg_5Z_at_3Z-G0929568<br>
UserId=nbalazs(11084) GroupId=nbalazs(11084)<br>
Priority=10118 Account=lokalkorr QOS=normal<br>
JobState=RUNNING Reason=None Dependency=(null)<br>
Requeue=1 Restarts=0 BatchFlag=1 ExitCode=0:0<br>
RunTime=1-00:40:45 TimeLimit=20-00:00:00 TimeMin=N/A<br>
SubmitTime=2014-05-22T10:21:20
EligibleTime=2014-05-22T10:21:20<br>
StartTime=2014-05-22T10:21:42 EndTime=2014-06-11T10:21:42<br>
PreemptTime=None SuspendTime=None SecsPreSuspend=0<br>
Partition=prod AllocNode:Sid=loginnode:8337<br>
ReqNodeList=(null) ExcNodeList=(null)<br>
NodeList=cn11<br>
BatchHost=cn11<br>
<b>NumNodes=1 NumCPUs=12 CPUs/Task=6</b> ReqS:C:T=*:*:*<br>
MinCPUsNode=12 <b>MinMemoryNode=30000M</b>
MinTmpDiskNode=0<br>
Features=(null) Gres=(null) Reservation=(null)<br>
Shared=OK Contiguous=0 Licenses=(null) Network=(null)<br>
Command=/home/nbalazs/bin/G09_Run_One.sh xg_5Z_at_3Z<br>
WorkDir=/fs01/home/nbalazs/JOBs/Gaussian/xg_5Z_at_3Z</font><br>
<br>
Tehat a job-om OMP_NUM_THREADS=6 szalon fut, viszont a
szamlazasnal 12 szal kerul elszamolasra. A Molpro eseteben
meg rosszabb a helyzet: 8 CPU core szamlazodik az accountomra,
amibol 2-t hasznalok a Molpro-val. <br>
A kerdesem: Hogyan tudok a SLURM-mal tobb memoriat foglalni
OMP jobokhoz anelkul, hogy a CPU core-okat is foglalom hozza,
amiket tulajdonkeppen nem hasznalok.<br>
<br>
Udvozlettel,<br>
Nagy Balazs<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">--
Balazs, NAGY
Research Assistant
MTA-BME "Lendület" Quantum Chemistry Research Group
Department of Physical Chemistry and Materials Science
Budapest University of Technology and Economics
P.O. Box 91
H-1521 Budapest
Hungary
Phone: +36-1/463-1632</pre>
<p> </p>
<hr> _______________________________________________<br>
Hpc-forum mailing list<br>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Hpc-forum@listserv.niif.hu">Hpc-forum@listserv.niif.hu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum</a><br>
</blockquote>
<p> </p>
<hr> _______________________________________________<br>
Hpc-forum mailing list<br>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Hpc-forum@listserv.niif.hu">Hpc-forum@listserv.niif.hu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum</a><br>
</blockquote>
</blockquote>
<br>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">--
Balazs, NAGY
Research Assistant
MTA-BME "Lendület" Quantum Chemistry Research Group
Department of Physical Chemistry and Materials Science
Budapest University of Technology and Economics
P.O. Box 91
H-1521 Budapest
Hungary
Phone: +36-1/463-1632</pre>
</body>
</html>