<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-2"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
Kedves Feri,<br>
<br>
köszönöm a kimerítő infót. Egyelőre 60 számolásra redukáltuk a
fontos futások számát, így átmenetileg megfelel a megoldás. Aztán
majd látjuk :)<br>
<br>
- A legújabb verzióra én is a lenti üzenetet kaptam<br>
- Forráskód igencsak drága, többtízezer dollár, erre nincs esély. <br>
<br>
Egyenként indítom akkor a számolásokat. Attól tartottam, hogy
esetleg valamilyen pazarlás lesz a vége, hogy feleslegesen foglalok
le ki nem használt erőforrásokat.<br>
<br>
Köszönöm még egyszer, üdv<br>
István<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 2014.06.02. 7:55, Ferenc Bartha
wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:6DCA66AFB4104E4E9748ADBA5F842F2F@notebook"
type="cite">
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-2"
http-equiv="Content-Type">
<meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.6001.23588">
<div><font size="2" face="Arial">Kedves Istvan!</font></div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">Szegeden korabban a 13.143L
verzio futott. Ebbe be volt drotozva, hogy egy ido utan ne
induljon el ezzel rakenyszeritve arra, hogy csereld az ujabb
verziora.</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">Most a 14.142L az ajanlott, ez
64bit-es es OpenMP parhuzamos. Viszont 2.6.24 kernel-lel
forditottak. </font></div>
<div><font size="2" face="Arial">A szegedi es a budapesti gepen a
kernel: 2.6.18-238.el5. Ezzel nem indul el az uj valtozat
(FATAL: kernel too old).</font></div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">Megoldasi lehetosegek (tippek):</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">1) A MPOAC FAQ-ban azt irjak,
hogy nem kivannak ezen valtoztatni, a kernelt kell frissiteni.</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">2) Lehetseges, hogy a lejart es a
legujabb verziok helyett van olyan koztes valtozat, mely meg
elfut a jelenlegei kernel-lel, ezt meg kell neznem. Persze
veszelyes, mert bizonyara fontos bug-okat javitottak a
legujabb release-ben.</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">3) Eleg korulmenyes, de elvileg
ki lehet konyorogni toluk a forraskodot es megprobalni
leforditani az adott gepen.</font></div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">Addig marad a debreceni
lehetoseg.</font></div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">A program openmp kornyezetben
fut, azaz egy node-on. Korulmenyesen meg lehetne oldani, hogy
az egy job-bol elkuldott tobb szamolas mas node-okra is
szetterjedjen. En ebbe most nem vagnek bele.</font></div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">Debrecenben SGE (Gridengine)
utemezo megy. Ott meg nincs elszamolas, az idokorlatokat
Budapesten es Szegeden a SLURM-ra valo attereskor vezettek be.
Ez varhato majd Debrecenben is az atallas utan.</font></div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">Lehetseges egy job-script-bol
tobb szamolast inditani, ehhez egyszeru template-et irhatok,
ha szukseges. Arra kell figyelni, hogy Debrecenben egy gepen
maximum 12 core-t szabad hasznalni. Tehat pl. el lehet
inditani 4 db 3 szalas, vagy 1 db 12 szalas, vagy 12db soros
szamolast, mikozben "pe openmp 12" foglalast kell
mindannyiszor tenni.</font> </div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">Valojaban nem sok hasznat latom
annak, hogy egy script-bol tobb szamolast indits. Ciklusban
elkuldheted kulon-kulon, akarmennyit. </font> </div>
<div> </div>
<div><font size="2" face="Arial">ÜdvFeri<br>
------------:<br>
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: <a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</a><br>
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</a><br>
SZTE DNT - High Performance Computing Group<br>
6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)<br>
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.
</font></div>
<div> </div>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid; PADDING-LEFT:
5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<div style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </div>
<div style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4; font-color:
black"><b>From:</b> <a moz-do-not-send="true"
title="horvathi@gmx.de" href="mailto:horvathi@gmx.de">HORVATH,
Istvan</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>To:</b> <a
moz-do-not-send="true" title="barthaf@sol.cc.u-szeged.hu"
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">Ferenc Bartha</a> ;
<a moz-do-not-send="true" title="hpc-forum@listserv.niif.hu"
href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu">hpc-forum@listserv.niif.hu</a>
</div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Sent:</b> Sunday, June 01, 2014
9:17 PM</div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Subject:</b> Re: [Hpc-forum]
MOPAC2012 a budapesti gépen?</div>
<div><br>
</div>
Kedves Feri,<br>
<br>
köszönöm a hétvégi supportot is :) Ezek szerint most csak a
debreceni gépen tudok mopac-ot futtatni? Úgy látom, ott más az
ütemező, mint a szegedi és a budapesti gépen.<br>
<br>
Itt tudok valamit állítani, azaz hogy hány node-on fusson, vagy
mindent elintéz a script, amit a submopac generál? Amennyiben az
alapértelmezés a párhuzamos, akkor nem is szívesen nyúlnék bele,
természetesen.<br>
<br>
Működik amúgy, fut egy számolás. Indíthatok hirtelen 1232
számolást? Mert most annyi vár indításra.<br>
<br>
Az a problémánk, hogy a PRACE-pályázat a budapesti gépre szól,
ahol - ugye a hetekig tartó bénázásom miatt - először most
tudnám végre pörgetni a gépidőt. A szegedi gépre is van elég sok
gépidőnk, de a debreceniről semmilyen infóm nincsen.<br>
<br>
Köszönöm még egyszer a hétvégi segítséget is. Ahogy látod, nem
csak te dolgozol ilyenkor ;)<br>
<br>
Üdv<br>
Horváth István<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 2014.05.31. 19:37, Ferenc Bartha
wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:E667C40BD7FF4F30A01CC5334D3ECEC1@notebook"
type="cite">
<meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.6001.23588">
<style></style>
<div><font size="2" face="Arial">Kedves Istvan!</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">.</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">A szegedei exe lejart, az
ujat kellene berakni, de az nem mukodik a jelenlegi
gepen/rendszeren.</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">Ezen egyhamar nem lehet
segiteni, teljes rendszer up-grade kell.</font></div>
<div> </div>
<div>Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a <br>
/opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem,
hogy a <br>
kapkodasban nem sok mindent irtam el.<br>
<br>
Javaslom, hogy ott a bin-ben talalhato submopac script-et
masold at a sajat <br>
bin-edbe es akkor maris (minden egyeb trukk nelkul)
hasznalhato.<br>
Tettem oda egy demo futast is a SUPPORT-ba.<br>
<br>
Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha
nem indokolt, <br>
akkor ne is vedd vissza sorosra!<br>
<br>
Debrecenben nem ferek hozza a masok konyvtarahoz, ha gond
van, csak <br>
reszletes problemajelentes utan tudok tavsegitseget adni.<br>
<br>
ÜdvFeri<br>
------------:<br>
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: <a
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu"
moz-do-not-send="true">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</a><br>
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: <a
href="http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/"
moz-do-not-send="true">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</a><br>
SZTE DNT - High Performance Computing Group<br>
6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)<br>
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér
8. <br>
</div>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid;
PADDING-LEFT: 5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px;
MARGIN-RIGHT: 0px">
<div style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </div>
<div style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4;
font-color: black"><b>From:</b> <a
title="horvathi@gmx.de" href="mailto:horvathi@gmx.de"
moz-do-not-send="true">HORVATH, Istvan</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>To:</b> <a
title="hpc-forum@listserv.niif.hu"
href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu"
moz-do-not-send="true">hpc-forum@listserv.niif.hu</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Sent:</b> Saturday, May 31,
2014 10:18 AM</div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Subject:</b> [Hpc-forum]
MOPAC2012 a budapesti gépen?</div>
<div><br>
</div>
Kedves Üzemeltetők,<br>
<br>
tavaly augusztusban a szegedi gépre felkerült a számunkra
fontos mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor lesz
elérhető a budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a
gépidő igen nagy részét erre a gépre nyertük meg és így
tudnánk maximálisan kihasználni a gépidőt. Addig is a
szegedi gépen mennek a számolásaink.<br>
<br>
Köszönöm, üdvözlettel:<br>
Horváth István<br>
<div class="moz-forward-container"><br>
<br>
-------- Original Message --------
<table class="moz-email-headers-table" border="0"
cellpadding="0" cellspacing="0">
<tbody>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">Subject:
</th>
<td>[Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4,
Amber12&AmberTools13 - Szeged</td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">Date:
</th>
<td>Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200</td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">From:
</th>
<td>Rőczei Gábor <a class="moz-txt-link-rfc2396E"
href="mailto:roczei@niif.hu"
moz-do-not-send="true"><roczei@niif.hu></a></td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">Reply-To:
</th>
<td><a class="moz-txt-link-abbreviated"
href="mailto:szuper@niif.hu"
moz-do-not-send="true">szuper@niif.hu</a></td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">To:
</th>
<td><a class="moz-txt-link-abbreviated"
href="mailto:szuper-hirek@listserv.niif.hu"
moz-do-not-send="true">szuper-hirek@listserv.niif.hu</a></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<br>
<br>
<pre>Kedves Felhasználóink!
Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:
1) MOPAC2012
Használatba vétel:
module load MOPAC2012
Job beküldés:
submopac inputfile
További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:
submopac -h
illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Használatba vétel:
module load Autodock
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Használatba vétel:
module load Amber12
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.
Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel vele a kapcsolatot.
Üdvözlettel,
Rőczei Gábor
---o---
Dear Users!
We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:
1) MOPAC2012
Getting started:
module load MOPAC2012
Submit a job:
submopac inputfile
For further assistance you may want to run this command:
submopac -h
and check this directory:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Getting started:
module load Autodock
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Getting started:
module load Amber12
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.
I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help. He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.
Best regards,
Gábor Rőczei
_______________________________________________
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek" moz-do-not-send="true">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.niif.hu/szuper/" moz-do-not-send="true">http://www.niif.hu/szuper/</a>
</pre>
<br>
</div>
<br>
<hr> _______________________________________________<br>
Hpc-forum mailing list<br>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-abbreviated"
href="mailto:Hpc-forum@listserv.niif.hu">Hpc-forum@listserv.niif.hu</a><br>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext"
href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum</a><br>
</blockquote>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>