<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-2"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
Kedves Feri,<br>
<br>
köszönöm a hétvégi supportot is :) Ezek szerint most csak a
debreceni gépen tudok mopac-ot futtatni? Úgy látom, ott más az
ütemező, mint a szegedi és a budapesti gépen.<br>
<br>
Itt tudok valamit állítani, azaz hogy hány node-on fusson, vagy
mindent elintéz a script, amit a submopac generál? Amennyiben az
alapértelmezés a párhuzamos, akkor nem is szívesen nyúlnék bele,
természetesen.<br>
<br>
Működik amúgy, fut egy számolás. Indíthatok hirtelen 1232 számolást?
Mert most annyi vár indításra.<br>
<br>
Az a problémánk, hogy a PRACE-pályázat a budapesti gépre szól, ahol
- ugye a hetekig tartó bénázásom miatt - először most tudnám végre
pörgetni a gépidőt. A szegedi gépre is van elég sok gépidőnk, de a
debreceniről semmilyen infóm nincsen.<br>
<br>
Köszönöm még egyszer a hétvégi segítséget is. Ahogy látod, nem csak
te dolgozol ilyenkor ;)<br>
<br>
Üdv<br>
Horváth István<br>
<br>
<div class="moz-cite-prefix">On 2014.05.31. 19:37, Ferenc Bartha
wrote:<br>
</div>
<blockquote cite="mid:E667C40BD7FF4F30A01CC5334D3ECEC1@notebook"
type="cite">
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-2"
http-equiv="content-type">
<meta name="GENERATOR" content="MSHTML 8.00.6001.23588">
<style></style>
<div><font size="2" face="Arial">Kedves Istvan!</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">.</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">A szegedei exe lejart, az ujat
kellene berakni, de az nem mukodik a jelenlegi
gepen/rendszeren.</font></div>
<div><font size="2" face="Arial">Ezen egyhamar nem lehet segiteni,
teljes rendszer up-grade kell.</font></div>
<div> </div>
<div>Debrecenben osszerantottam egy csomagot, a <br>
/opt/nce/packages/global/barthaf/MOPAC2012 helyen. Remelem, hogy
a <br>
kapkodasban nem sok mindent irtam el.<br>
<br>
Javaslom, hogy ott a bin-ben talalhato submopac script-et masold
at a sajat <br>
bin-edbe es akkor maris (minden egyeb trukk nelkul) hasznalhato.<br>
Tettem oda egy demo futast is a SUPPORT-ba.<br>
<br>
Figyelj, mert ez mostmar alapertelemben parhuzamosan fut, ha nem
indokolt, <br>
akkor ne is vedd vissza sorosra!<br>
<br>
Debrecenben nem ferek hozza a masok konyvtarahoz, ha gond
van, csak <br>
reszletes problemajelentes utan tudok tavsegitseget adni.<br>
<br>
ÜdvFeri<br>
------------:<br>
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: <a
moz-do-not-send="true"
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</a><br>
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.staff.u-szeged.hu/%7Ebarthaf/">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</a><br>
SZTE DNT - High Performance Computing Group<br>
6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)<br>
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8. <br>
</div>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid; PADDING-LEFT:
5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<div style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </div>
<div style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4; font-color:
black"><b>From:</b> <a moz-do-not-send="true"
title="horvathi@gmx.de" href="mailto:horvathi@gmx.de">HORVATH,
Istvan</a> </div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>To:</b> <a
moz-do-not-send="true" title="hpc-forum@listserv.niif.hu"
href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu">hpc-forum@listserv.niif.hu</a>
</div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Sent:</b> Saturday, May 31,
2014 10:18 AM</div>
<div style="FONT: 10pt arial"><b>Subject:</b> [Hpc-forum]
MOPAC2012 a budapesti gépen?</div>
<div><br>
</div>
Kedves Üzemeltetők,<br>
<br>
tavaly augusztusban a szegedi gépre felkerült a számunkra fontos
mopac2012-es program. Érdeklődnék, hogy mikor lesz elérhető a
budapesti gépen, mivel a PRACE pályázaton a gépidő igen nagy
részét erre a gépre nyertük meg és így tudnánk maximálisan
kihasználni a gépidőt. Addig is a szegedi gépen mennek a
számolásaink.<br>
<br>
Köszönöm, üdvözlettel:<br>
Horváth István<br>
<div class="moz-forward-container"><br>
<br>
-------- Original Message --------
<table class="moz-email-headers-table" border="0"
cellpadding="0" cellspacing="0">
<tbody>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">Subject:
</th>
<td>[Szuper-hirek] MOPAC2012, Autodock4,
Amber12&AmberTools13 - Szeged</td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">Date:
</th>
<td>Thu, 15 Aug 2013 14:06:48 +0200</td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">From:
</th>
<td>Rőczei Gábor <a moz-do-not-send="true"
class="moz-txt-link-rfc2396E"
href="mailto:roczei@niif.hu"><roczei@niif.hu></a></td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">Reply-To:
</th>
<td><a moz-do-not-send="true"
class="moz-txt-link-abbreviated"
href="mailto:szuper@niif.hu">szuper@niif.hu</a></td>
</tr>
<tr>
<th nowrap="nowrap" valign="baseline" align="right">To:
</th>
<td><a moz-do-not-send="true"
class="moz-txt-link-abbreviated"
href="mailto:szuper-hirek@listserv.niif.hu">szuper-hirek@listserv.niif.hu</a></td>
</tr>
</tbody>
</table>
<br>
<br>
<pre>Kedves Felhasználóink!
Örömmel értesítjük Önöket, hogy a szegedi szuperszámítógépen most már elérhetőek a következő alkalmazások:
1) MOPAC2012
Használatba vétel:
module load MOPAC2012
Job beküldés:
submopac inputfile
További segítségért érdemes ezt a parancsot futtatni:
submopac -h
illetve érdemes ezt a könyvtárat megnézni:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Használatba vétel:
module load Autodock
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Használatba vétel:
module load Amber12
Ebben a könyvtárban található hozzá segédlet:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
Valójában két csomag van installálva. A lényegi rész az Amber12, mely fizetős, de ki van fizetve Szegeden és site wide jogos a telepítés. A másik az AmberTools13, ami nagyon sok ingyenes utility gyűjteménye az Amber-hez.
Ezúton szeretném megköszönni dr. Bartha Ferencnek (SZTE) a fenti szoftverek telepítését. Ha bármilyen kérdésük van a programokkal kapcsolatban akkor a SUPPORT könyvtárakban lévő README fájl tartalmazza az e-mail címét, ezen keresztül vehetik fel vele a kapcsolatot.
Üdvözlettel,
Rőczei Gábor
---o---
Dear Users!
We are pleased to inform you that these softwares are available on Szeged supercomputer:
1) MOPAC2012
Getting started:
module load MOPAC2012
Submit a job:
submopac inputfile
For further assistance you may want to run this command:
submopac -h
and check this directory:
/scratch/nce/packages/global/MOPAC2012/SUPPORT
2) Autodock
Getting started:
module load Autodock
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Autodock/SUPPORT
3) Amber12&AmberTools13
Getting started:
module load Amber12
Further assistance you should check this directory:
/scratch/nce/packages/global/Amber12/SUPPORT
In fact, two packages are installed. The substantial part is the Amber12 which is commercial software and it has been paid. It has site wide license. The other package is AmberTools13 which contain a lot of free utilities for Amber.
I would like to thank for dr. Ferenc Bartha (SZTE) for the help. He helped for us by the software installations and configurations. If you have any questions regarding the programs then please check the README files which are in the SUPPORT directories. His e-mail address is in these files, you can contact him through this.
Best regards,
Gábor Rőczei
_______________________________________________
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/szuper-hirek</a>
<a moz-do-not-send="true" class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.niif.hu/szuper/">http://www.niif.hu/szuper/</a>
</pre>
<br>
</div>
<br>
<p> </p>
<hr> _______________________________________________<br>
Hpc-forum mailing list<br>
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Hpc-forum@listserv.niif.hu">Hpc-forum@listserv.niif.hu</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum">https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum</a><br>
</blockquote>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>