[Hpc-forum] (nincs tárgy) NAMD2

[Ferenc Bartha]

Az emlitett warning-nak aligha van jelentosege, a program a vart modon mukodott, skalazodott.

Azert megis kiprobaltam a javasolt +isomalloc_sync parameterrel (lasd cpu_mpi.qsub –> cpu_mpi_x.qsub es 114380 –> 1138539 Job_ID), mas az output, teljesitmenyben nincs javito hatasa.

From: Ferenc Bartha 
Sent: Sunday, November 22, 2015 5:38 AM
To: Balog Erika ; hpc-forum at listserv.niif.hu 
Subject: Re: [Hpc-forum] (nincs tárgy) NAMD2

Kedves Erika!

Probald meg a /opt/nce/packages/global/barthaf/namd2 installaciot! Van ott a SUPPORT-ban demo CPU es GPU esetekre is, nem kell module, csak a script-et kell igazitanod.
Ezt a verziot en raktam fel es tamogatom, ha gondod van vele, akkor nekem irj!
ÜdvFeri
------------:
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
SZTE DNT - High Performance Computing Group
   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.

From: Balog Erika 
Sent: Saturday, November 21, 2015 10:09 AM
To: hpc-forum at listserv.niif.hu 
Subject: [Hpc-forum] (nincs tárgy)

T. felhasznalok!

Megmondanak, hogy kell a szegedi gepen korrektul elinditani az namd-t? A support iranyitott ide a levelezoi listara.

namd/2.9-smp(default) -al probaltam:
module load namd/2.9-smp

es a scriptben:
mpirun namd2 filename.conf > filename.out

az output azt mondja, hogy:
Warning> Randomization of stack pointer is turned on in kernel, thread migration may not work! Run 'echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space' as root to disable it, or try run with '+isomalloc_sync'.  

Koszonom szepen,
Balog Erika



--------------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________
Hpc-forum mailing list
Hpc-forum at listserv.niif.hu
https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum



--------------------------------------------------------------------------------
_______________________________________________
Hpc-forum mailing list
Hpc-forum at listserv.niif.hu
https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum
--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20151122/3b1c3282/attachment.html>