[Hpc-forum] LIGGGHTS forditas es futtatas -57570-

[Ferenc Bartha]

Kedves Forum!

Fogok segiteni, ha addig nem oldodik meg.
Addig is megmelitem, talalkoztam mar ilyen forditasi problemaval. Az 
intel/2013_sp1 es az openmpi/1.6.3-intel hianyos. Vagy nem intel, vagy mas 
openmpi lesz egy megoldas.

ÜdvFeri
------------:
Dr. Ferenc BARTHA, tel: 62/54-6821, E-mail: barthaf at sol.cc.u-szeged.hu
SKYPE: ferenc.bartha, WWW: http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/
SZTE DNT - High Performance Computing Group
   6725 Szeged, Tisza Lajos krt. 113 (Szikra u. 2.)
SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged, Dóm tér 8.

----- Original Message ----- 
From: "Rőczei Gábor" <roczei at niif.hu>
To: <hpc-forum at listserv.niif.hu>
Cc: "HPC support" <hpc-support at niif.hu>; <visontai.david at zoldhazec.hu>
Sent: Monday, June 29, 2015 4:53 PM
Subject: Re: [Hpc-forum] LIGGGHTS forditas es futtatas -57570-


Kedves Listatagok!

Van esetleg valakinek tapasztalata LIGGGHTS fordításban? Nagyon örülnék 
annak, ha mostantól ezen a listán keresztül folyna a kommunikáció a HPC 
alkalmazások lefordításával kapcsolatban.

Üdvözlettel,

       Rőczei Gábor
        NIIF Intézet

Ui.: A hpc-forum-ra itt lehet feliratkozni: 
https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum

> On 2015 May 28, at 17:10, Visontai Dávid <jegesm at gmail.com> wrote:
>
> Kedves Support,
>
> a LIGGGHTS nevü molekuláris dinamikai csomagot szeretném lefordítani és 
> ehhez szeretnék segitséget kérni, ha van rá kapacitás.
>
> Ami eddig sikerült (a szegedi gépen):
>
> Sorosan megy, ezzel nincs gond. A korábban futtatásra használt géppel való 
> összehasonlítás alapján egyezik, hogy 3x lassabban fut.
>
> Párhuzamos (gnu vagy intel+mkl fordítóval): működik az alábbi 
> eredményekkel:
> procs = --ntasks-per-node
> Az idő a programon beluli rutin által számolt tiszta futási idő
>
> - Kis rendszeren 4376 atom:
> 1 procs    35.3s
> 2 procs    18.4s   1.9x
> 4 procs    14.8s   2.3x
> 8 procs    10.2s   3.4x
> 12 procs 298.9s  0.1x
> 16 procs 139.6s  0.2x
> 24 és 48-nál SEGFAULT valószínűleg túl kicsi a rendszer
>
> - Nagy rendszeren 35008 atom
> 1 procs  239.8s
> 2 procs  129.6s  1.8x
> 4 procs    73.2s  3.2x
> 8 procs   330.1s 0.7x
> 12 procs 378.2s 0.6x
> 16 procs 236.8s 1.0x
> 24 procs 157.8s 1.5x
> 48 procs  19.6s  12.1x
>
>
> Kis rendszernél még elfogadom, hogy sok process esetén több a 
> kommunikáció, mint a tényleges számolás, de azért azt nem várom, hogy 
> ennyire lelassuljon.
> Nagy rendszernél viszont nem értem mi történik.
> Lehetséges, hogy rossz struktúrában küldi be a processeket?
>
> Bárminemü útbaigazítást szívesen fogadok!
>
> A program a LAMMPS 2013 Nov verziójára épül
> A program elérhetősége:
> https://github.com/CFDEMproject/LIGGGHTS-PUBLIC
> https://github.com/CFDEMproject/LIGGGHTS-3-beta-PUBLIC
>
>
> OPENMP:
> nem sikerült lefordítani és nem vagyok benne biztos, hogy ezt a verziót 
> lehet. Az interneten viszont léteznek beszámolók benchmarkokról
>
> CUDA
> Elvileg lehet gpu-val is gyorsítani. Sikerült lefordítani a következő 
> modulokkal:
> fftw/3.3.3-intel
> intel/2013_sp1
> openmpi/1.6.3-intel
> cuda/6.5.14
>
> Futásnál viszont a következő hibát kapom rögtön az elején
> [gpu1.szeged.hpc.niif.hu:12750] mca: base: component_find: unable to open 
> /opt/nce/packages/global/openmpi/1.6.3-intel/lib/openmpi/mca_btl_openib: 
> libosmcomp.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory 
> (ignored)
> (Részletesebben a /home/jegesm/Work/Teszt_82_cuda/stdout -ban)
>
> az LD_LIBRARY_PATH-ban szerepel a /usr/lib64/ , ahol libosmcomp.so 
> található, de innentől kezdve nem értem mi történik.
>
>
>
> Előre is köszönöm!
>
> Üdvözlettel
> -- 
> Visontai David
> ELTE-KRFT
> http://zoldhazec.hu/
> http://villapanorama.hu/


_______________________________________________
Hpc-forum mailing list
Hpc-forum at listserv.niif.hu
https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum