[Hpc-forum] LIGGGHTS forditas es futtatas -57570-

[Rőczei Gábor]

Kedves Listatagok!

Van esetleg valakinek tapasztalata LIGGGHTS fordításban? Nagyon örülnék annak, ha mostantól ezen a listán keresztül folyna a kommunikáció a HPC alkalmazások lefordításával kapcsolatban.

Üdvözlettel,
 
       Rőczei Gábor
        NIIF Intézet

Ui.: A hpc-forum-ra itt lehet feliratkozni: https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum 

> On 2015 May 28, at 17:10, Visontai Dávid <jegesm at gmail.com> wrote:
> 
> Kedves Support,
> 
> a LIGGGHTS nevü molekuláris dinamikai csomagot szeretném lefordítani és ehhez szeretnék segitséget kérni, ha van rá kapacitás.
> 
> Ami eddig sikerült (a szegedi gépen):
> 
> Sorosan megy, ezzel nincs gond. A korábban futtatásra használt géppel való összehasonlítás alapján egyezik, hogy 3x lassabban fut.
> 
> Párhuzamos (gnu vagy intel+mkl fordítóval): működik az alábbi eredményekkel:
> procs = --ntasks-per-node
> Az idő a programon beluli rutin által számolt tiszta futási idő
> 
> - Kis rendszeren 4376 atom:
> 1 procs    35.3s 
> 2 procs    18.4s   1.9x
> 4 procs    14.8s   2.3x
> 8 procs    10.2s   3.4x
> 12 procs 298.9s  0.1x
> 16 procs 139.6s  0.2x
> 24 és 48-nál SEGFAULT valószínűleg túl kicsi a rendszer
> 
> - Nagy rendszeren 35008 atom
> 1 procs  239.8s  
> 2 procs  129.6s  1.8x
> 4 procs    73.2s  3.2x
> 8 procs   330.1s 0.7x
> 12 procs 378.2s 0.6x
> 16 procs 236.8s 1.0x
> 24 procs 157.8s 1.5x
> 48 procs  19.6s  12.1x
> 
> 
> Kis rendszernél még elfogadom, hogy sok process esetén több a kommunikáció, mint a tényleges számolás, de azért azt nem várom, hogy ennyire lelassuljon.
> Nagy rendszernél viszont nem értem mi történik.
> Lehetséges, hogy rossz struktúrában küldi be a processeket?
> 
> Bárminemü útbaigazítást szívesen fogadok! 
> 
> A program a LAMMPS 2013 Nov verziójára épül
> A program elérhetősége:
> https://github.com/CFDEMproject/LIGGGHTS-PUBLIC
> https://github.com/CFDEMproject/LIGGGHTS-3-beta-PUBLIC
> 
> 
> OPENMP:
> nem sikerült lefordítani és nem vagyok benne biztos, hogy ezt a verziót lehet. Az interneten viszont léteznek beszámolók benchmarkokról
> 
> CUDA
> Elvileg lehet gpu-val is gyorsítani. Sikerült lefordítani a következő modulokkal:
> fftw/3.3.3-intel
> intel/2013_sp1
> openmpi/1.6.3-intel
> cuda/6.5.14
> 
> Futásnál viszont a következő hibát kapom rögtön az elején
> [gpu1.szeged.hpc.niif.hu:12750] mca: base: component_find: unable to open /opt/nce/packages/global/openmpi/1.6.3-intel/lib/openmpi/mca_btl_openib: libosmcomp.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)
> (Részletesebben a /home/jegesm/Work/Teszt_82_cuda/stdout -ban)
> 
> az LD_LIBRARY_PATH-ban szerepel a /usr/lib64/ , ahol libosmcomp.so található, de innentől kezdve nem értem mi történik.
> 
> 
> 
> Előre is köszönöm!
> 
> Üdvözlettel
> -- 
> Visontai David
> ELTE-KRFT
> http://zoldhazec.hu/
> http://villapanorama.hu/