[Hpc-forum] SLURM utemezo es memoria OMP joboknal

[Balazs Nagy]

Tisztelt Lista!

OpenMP parhuzamositott G09 es Molpro jobokat szeretnek futtatni a 
szegedi szupergepen a SLURM utemezovel. A G09 jobokat 4 vagy 6 szalon, 
osszesen rendre 16 vagy 24 GB memoriaval, a Molpro futasokat 2 szalon, 
osszesen 16 GB memoriaval. A runjob scriptben ezekben az esetekben a 
/--mem-per-cpu/ ertekhez nagyobb erteket kellene megadnom, mint a 
maximalis 2600 MB, hiszen a G09 jobokhoz ez az ertek 4000 MB lenne, mig 
a Molpro eseten 8000 MB. Ha a /--mem='mem in MB'/ parametert hasznalom, 
es lefoglalom a szukseges teljes memoriat a node-on, akkor az utemezo 
kiszamolja, hogy ehhez mennyi CPU core szukseges, es azt foglalja le. 
Azaz elindultak a 6 szalas G09 futasaim /--mem=30000/ parameterrel, 
amihez 12 CPU kerult foglalasra, viszont ebbol csak 6-ot hasznalok a 
programmal. A runjob scriptem relevans resze:

#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --partition=prod
#SBATCH --mem=20000

Az scontrol show job kimenete:

JobId=583 Name=xg_5Z_at_3Z-G0929568
    UserId=nbalazs(11084) GroupId=nbalazs(11084)
    Priority=10118 Account=lokalkorr QOS=normal
    JobState=RUNNING Reason=None Dependency=(null)
    Requeue=1 Restarts=0 BatchFlag=1 ExitCode=0:0
    RunTime=1-00:40:45 TimeLimit=20-00:00:00 TimeMin=N/A
    SubmitTime=2014-05-22T10:21:20 EligibleTime=2014-05-22T10:21:20
    StartTime=2014-05-22T10:21:42 EndTime=2014-06-11T10:21:42
    PreemptTime=None SuspendTime=None SecsPreSuspend=0
    Partition=prod AllocNode:Sid=loginnode:8337
    ReqNodeList=(null) ExcNodeList=(null)
    NodeList=cn11
    BatchHost=cn11
*NumNodes=1 NumCPUs=12 CPUs/Task=6* ReqS:C:T=*:*:*
    MinCPUsNode=12 *MinMemoryNode=30000M* MinTmpDiskNode=0
    Features=(null) Gres=(null) Reservation=(null)
    Shared=OK Contiguous=0 Licenses=(null) Network=(null)
    Command=/home/nbalazs/bin/G09_Run_One.sh xg_5Z_at_3Z
    WorkDir=/fs01/home/nbalazs/JOBs/Gaussian/xg_5Z_at_3Z

Tehat a job-om OMP_NUM_THREADS=6 szalon fut, viszont a szamlazasnal 12 
szal  kerul elszamolasra. A Molpro eseteben meg rosszabb a helyzet: 8 
CPU core szamlazodik az accountomra, amibol 2-t hasznalok a Molpro-val.
A kerdesem: Hogyan tudok a SLURM-mal tobb memoriat foglalni OMP jobokhoz 
anelkul, hogy a CPU core-okat is foglalom hozza, amiket tulajdonkeppen 
nem hasznalok.

Udvozlettel,
Nagy Balazs

-- 
Balazs, NAGY
Research Assistant
MTA-BME "Lendület" Quantum Chemistry Research Group
Department of Physical Chemistry and Materials Science
Budapest University of Technology and Economics
P.O. Box 91
H-1521 Budapest
Hungary
Phone: +36-1/463-1632

--------- következ? rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20140523/6235b769/attachment.html>