<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Tisztelt Lista!<br>
<br>
OpenMP parhuzamositott G09 es Molpro jobokat szeretnek futtatni a
szegedi szupergepen a SLURM utemezovel. A G09 jobokat 4 vagy 6
szalon, osszesen rendre 16 vagy 24 GB memoriaval, a Molpro futasokat
2 szalon, osszesen 16 GB memoriaval. A runjob scriptben ezekben az
esetekben a <i>--mem-per-cpu</i> ertekhez nagyobb erteket kellene
megadnom, mint a maximalis 2600 MB, hiszen a G09 jobokhoz ez az
ertek 4000 MB lenne, mig a Molpro eseten 8000 MB. Ha a <i>--mem='mem
in MB'</i> parametert hasznalom, es lefoglalom a szukseges teljes
memoriat a node-on, akkor az utemezo kiszamolja, hogy ehhez mennyi
CPU core szukseges, es azt foglalja le. Azaz elindultak a 6 szalas
G09 futasaim <i>--mem=30000</i> parameterrel, amihez 12 CPU kerult
foglalasra, viszont ebbol csak 6-ot hasznalok a programmal. A runjob
scriptem relevans resze:<br>
<br>
<font face="Courier New, Courier, monospace">#SBATCH --ntasks=1<br>
#SBATCH --cpus-per-task=2<br>
#SBATCH --partition=prod<br>
#SBATCH --mem=20000</font><br>
<br>
Az scontrol show job kimenete:<br>
<br>
<font face="Courier New, Courier, monospace">JobId=583
Name=xg_5Z_at_3Z-G0929568<br>
UserId=nbalazs(11084) GroupId=nbalazs(11084)<br>
Priority=10118 Account=lokalkorr QOS=normal<br>
JobState=RUNNING Reason=None Dependency=(null)<br>
Requeue=1 Restarts=0 BatchFlag=1 ExitCode=0:0<br>
RunTime=1-00:40:45 TimeLimit=20-00:00:00 TimeMin=N/A<br>
SubmitTime=2014-05-22T10:21:20 EligibleTime=2014-05-22T10:21:20<br>
StartTime=2014-05-22T10:21:42 EndTime=2014-06-11T10:21:42<br>
PreemptTime=None SuspendTime=None SecsPreSuspend=0<br>
Partition=prod AllocNode:Sid=loginnode:8337<br>
ReqNodeList=(null) ExcNodeList=(null)<br>
NodeList=cn11<br>
BatchHost=cn11<br>
<b>NumNodes=1 NumCPUs=12 CPUs/Task=6</b> ReqS:C:T=*:*:*<br>
MinCPUsNode=12 <b>MinMemoryNode=30000M</b> MinTmpDiskNode=0<br>
Features=(null) Gres=(null) Reservation=(null)<br>
Shared=OK Contiguous=0 Licenses=(null) Network=(null)<br>
Command=/home/nbalazs/bin/G09_Run_One.sh xg_5Z_at_3Z<br>
WorkDir=/fs01/home/nbalazs/JOBs/Gaussian/xg_5Z_at_3Z</font><br>
<br>
Tehat a job-om OMP_NUM_THREADS=6 szalon fut, viszont a szamlazasnal
12 szal kerul elszamolasra. A Molpro eseteben meg rosszabb a
helyzet: 8 CPU core szamlazodik az accountomra, amibol 2-t hasznalok
a Molpro-val. <br>
A kerdesem: Hogyan tudok a SLURM-mal tobb memoriat foglalni OMP
jobokhoz anelkul, hogy a CPU core-okat is foglalom hozza, amiket
tulajdonkeppen nem hasznalok.<br>
<br>
Udvozlettel,<br>
Nagy Balazs<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">--
Balazs, NAGY
Research Assistant
MTA-BME "Lendület" Quantum Chemistry Research Group
Department of Physical Chemistry and Materials Science
Budapest University of Technology and Economics
P.O. Box 91
H-1521 Budapest
Hungary
Phone: +36-1/463-1632</pre>
</body>
</html>