<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META content="text/html; charset=ISO-8859-1" http-equiv=content-type>
<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.6001.23588">
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff text=#000000>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Kedves Balazs!</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>Javaslom, hogy hasznald a subg08 job-kuldo
scriptet! Bizom benne, hogy ott ezt megoldottam, bar meg nagyon uj es nem
derultek ki a hibai.</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face=Arial>ÜdvFeri<BR>------------:<BR>Dr. Ferenc BARTHA, tel:
62/54-6821, E-mail: <A
href="mailto:barthaf@sol.cc.u-szeged.hu">barthaf@sol.cc.u-szeged.hu</A><BR>SKYPE:
ferenc.bartha, WWW: <A
href="http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/">http://www.staff.u-szeged.hu/~barthaf/</A><BR>SZTE
DNT - High Performance Computing Group<BR> 6725 Szeged, Tisza Lajos
krt. 113 (Szikra u. 2.)<BR>SZTE, Department of Medical Chemistry, 6720 Szeged,
Dóm tér 8. </FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE
style="BORDER-LEFT: #000000 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; PADDING-RIGHT: 0px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
<DIV
style="FONT: 10pt arial; BACKGROUND: #e4e4e4; font-color: black"><B>From:</B>
<A title=bnagy@mail.bme.hu href="mailto:bnagy@mail.bme.hu">Balazs Nagy</A>
</DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=hpc-forum@listserv.niif.hu
href="mailto:hpc-forum@listserv.niif.hu">HPC-Forum</A> </DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Friday, May 23, 2014 11:11 AM</DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> [Hpc-forum] SLURM utemezo es
memoria OMP joboknal</DIV>
<DIV><BR></DIV>Tisztelt Lista!<BR><BR>OpenMP parhuzamositott G09 es Molpro
jobokat szeretnek futtatni a szegedi szupergepen a SLURM utemezovel. A G09
jobokat 4 vagy 6 szalon, osszesen rendre 16 vagy 24 GB memoriaval, a Molpro
futasokat 2 szalon, osszesen 16 GB memoriaval. A runjob scriptben ezekben az
esetekben a <I>--mem-per-cpu</I> ertekhez nagyobb erteket kellene megadnom,
mint a maximalis 2600 MB, hiszen a G09 jobokhoz ez az ertek 4000 MB lenne, mig
a Molpro eseten 8000 MB. Ha a <I>--mem='mem in MB'</I> parametert hasznalom,
es lefoglalom a szukseges teljes memoriat a node-on, akkor az utemezo
kiszamolja, hogy ehhez mennyi CPU core szukseges, es azt foglalja le. Azaz
elindultak a 6 szalas G09 futasaim <I>--mem=30000</I> parameterrel, amihez 12
CPU kerult foglalasra, viszont ebbol csak 6-ot hasznalok a programmal. A
runjob scriptem relevans resze:<BR><BR><FONT
face="Courier New, Courier, monospace">#SBATCH --ntasks=1<BR>#SBATCH
--cpus-per-task=2<BR>#SBATCH --partition=prod<BR>#SBATCH
--mem=20000</FONT><BR><BR>Az scontrol show job kimenete:<BR><BR><FONT
face="Courier New, Courier, monospace">JobId=583
Name=xg_5Z_at_3Z-G0929568<BR> UserId=nbalazs(11084)
GroupId=nbalazs(11084)<BR> Priority=10118 Account=lokalkorr
QOS=normal<BR> JobState=RUNNING Reason=None
Dependency=(null)<BR> Requeue=1 Restarts=0 BatchFlag=1
ExitCode=0:0<BR> RunTime=1-00:40:45 TimeLimit=20-00:00:00
TimeMin=N/A<BR> SubmitTime=2014-05-22T10:21:20
EligibleTime=2014-05-22T10:21:20<BR> StartTime=2014-05-22T10:21:42
EndTime=2014-06-11T10:21:42<BR> PreemptTime=None SuspendTime=None
SecsPreSuspend=0<BR> Partition=prod
AllocNode:Sid=loginnode:8337<BR> ReqNodeList=(null)
ExcNodeList=(null)<BR> NodeList=cn11<BR>
BatchHost=cn11<BR> <B>NumNodes=1 NumCPUs=12 CPUs/Task=6</B>
ReqS:C:T=*:*:*<BR> MinCPUsNode=12 <B>MinMemoryNode=30000M</B>
MinTmpDiskNode=0<BR> Features=(null) Gres=(null)
Reservation=(null)<BR> Shared=OK Contiguous=0 Licenses=(null)
Network=(null)<BR> Command=/home/nbalazs/bin/G09_Run_One.sh
xg_5Z_at_3Z<BR>
WorkDir=/fs01/home/nbalazs/JOBs/Gaussian/xg_5Z_at_3Z</FONT><BR><BR>Tehat a
job-om OMP_NUM_THREADS=6 szalon fut, viszont a szamlazasnal 12 szal
kerul elszamolasra. A Molpro eseteben meg rosszabb a helyzet: 8 CPU core
szamlazodik az accountomra, amibol 2-t hasznalok a Molpro-val. <BR>A kerdesem:
Hogyan tudok a SLURM-mal tobb memoriat foglalni OMP jobokhoz anelkul, hogy a
CPU core-okat is foglalom hozza, amiket tulajdonkeppen nem
hasznalok.<BR><BR>Udvozlettel,<BR>Nagy Balazs<BR><PRE class=moz-signature cols="72">--
Balazs, NAGY
Research Assistant
MTA-BME "Lendület" Quantum Chemistry Research Group
Department of Physical Chemistry and Materials Science
Budapest University of Technology and Economics
P.O. Box 91
H-1521 Budapest
Hungary
Phone: +36-1/463-1632</PRE>
<P>
<HR>
<P></P>_______________________________________________<BR>Hpc-forum mailing
list<BR>Hpc-forum@listserv.niif.hu<BR>https://listserv.niif.hu/mailman/listinfo/hpc-forum<BR></BLOCKQUOTE></BODY></HTML>