[Hpc-forum] Budapest xeon Phi használata

[Thiering Gergő]

Kedves Mindenki!

Xeon Phi-t próbáltam használni, tesztelni a budapest2 gépen. (VASP-ot 
fordítani)

Az alábbi dolgokat probáltam ki, a VASP forrás FORTRAN alkalmazásával:

- intel MKL automatic offload 
<https://software.intel.com/sites/default/files/11MIC42_How_to_Use_MKL_Automatic_Offload_0.pdf>: 
(AO)
Elméletben minden ami intel MKL-vel van befordítva, az MKL automatikusan 
elküldheti a Phi-re.

/opt/intel/composer_xe_2015/Samples/en_US/C++/mic_samples/LEO_tutorial 
-on található tesztprogram működik, de a VASP fordításom nem működik 
vele, vagy rosszul fordítottam, vagy nincs a VASP-ban (AO)-val 
gyorsítató rész.

Mindenesetre gyanús, hogy OMP szálakkal sem igazi a skálázódás 
MKL_NUM_THREADS=10 az intel MKL-nek, így gondolom a phi-re nem is 
érdekes autómatikusan "párhuzamosítani", több lenne a kommunikáció mint 
a haszon.

- intel compiler assisted offload:
Itt már bizonyos részek a xeon phi arhitekturájára (mic) lefordításáról 
lenne szó, de még mindíg a fő CPU-n levő szálak telhelésmentesítéséről 
lenne szó. Itt ha jól gondolom #pragma-al át kéne írnom az egész 
forrást, amire értelemszerűen nem vállalkoznék.

#Ami szerintem kellene:
- VASP alapvetően jól skálázódik MPI szálakkal. Gond lehet esetleg a 
xeon PHI-kben levő szál/memória arány 16Gb/60=0.25Gb. Ez javítható OMP 
szálakkal, pl MKL_NUM_THREADS=4 vagy még több.
- Ebben az esetben natívan futna a PHI gyorsítón, mint egy valódi node. 
Ellenben meg kellene oldani hogy az intel MPI tudjon szálakat indítani a 
xeon phi-n, pl:
mpiexec.hydra -machinefile hosts.mic -perhost 1 $BINARY.mic
- Ekkor párhuzamosan futnának MPI threadok: pl 20db a 2 cpu-n, és a 
PHI-n is 2x15 db. skálázódástól függően, 2 külön fordított bináris külön 
külön. PHI-re be tudtam fordítani de kipróbálni sajnos nem:
- Ellenben ekkor meg kéne oldani, pl hogy ssh-val be lehessen lépni a 
phi-be. Gondolom erre a legegyszerűbb mód ha a teljes fáljrendszer fel 
lenne mountolva a PHI-kre is. De ezt én user jogon nem tudom megoldani, 
a gyorsítókártyákon jelenleg sima password van amikor megpróbáltam az 
egyikbe belelépni és natívan kipróbálni a fordított kódomat.

Ehhez itt van leírás mit kéne tenni hogy fussanak az MPI feladatok a 
phi-ken is.
https://software.intel.com/en-us/articles/using-the-intel-mpi-library-on-intel-xeon-phi-coprocessor-systems

Előre is köszönettel,
Thiering Gergő

--------- következő rész ---------
Egy csatolt HTML állomány át lett konvertálva...
URL: <https://listserv.niif.hu/pipermail/hpc-forum/attachments/20151019/c39a6b9e/attachment.html>