[Hpc-forum] Siesta futtatás a budapesti és szegedi gépen

[Tom Hornos]

Sziasztok!

Elkészült a SIESTA 3.1 és trunk párhuzamos verziója a budapesti gépre.

Használat:
==========

A NIIF Common Environment-et be kell állítani. A budapesti gépen a
következő sorokat kell a $HOME/.bashrc végére írni:

    module use /opt/nce/modulefiles
    module load nce/global
    module load niif/budapest

Ki kell lépni és újra be. Ezek után a SIESTA csomagot a következő
parancsokkal kell aktiválni:

    module load nce/niif/intel

SIESTA verzió:

    module load siesta/3.1-intel

vagy

    module load siesta/367-intel

vagy

    module load siesta/431-intel

A module load parancsokat a .bashrc-be is bele lehet írni.

MPI párhuzamos programok esetén az a legjobb, ha node egységekben
foglaltok. Ez azt jelenti, hogy a budapesti gépen 24, a szegedi gépen
48 többszörösével kell a slotokat lefoglalni. Pl. a budapesti gépen 48
slot lefoglalása 2 teljes node-ot jelent. Ezt a foglalást exkluzív
módban kell kérni, hogy a fragmentáció minimális legyen.

Kérem, hogy 1-2 tesztfutással ellenőrizzétek le az eredményeket főleg
az Eharris és Ebs értékeket. Nem biztos, hogy az új kóddal van a baj.
A teszt benchmarkok jók.

Kérem, hogy a következő job szkript alapján indítsátok a programot:

----------------------------------------------
#!/bin/bash
#$ -N JOBNÉV
#$ -m abe
#$ -M EMAIL
#$ -l h_rt=IDŐ
#$ -pe mpi SLOTOK
#$ -l exclusive=true
export OMP_NUM_THREADS=1
mpirun siesta.ompi < input.fdf > siesta.out
----------------------------------------------

Az időt (IDŐ) HH:MM:SS formátumban kell megadni, pl. 168:00:00, ami
168 órát jelent. A slotok száma (SLOTOK) 24 többszöröse legyen, pl. 48
két gépet, 96 négyet jelent. A megadott EMAIL címre a job levelt fog
küldeni, ha elindul, leáll vagy befejeződött. A JOBNÉV egyértelmű.


PS: holnap átkerülnek a csomagok a szegedi gépre is

Üdv
-- 
Tom Hornos, PhD
NIIF Intézet

GPG: https://dl.dropbox.com/u/14292474/BF698BDE.asc
Howto: http://www.enigmail.net/documentation/quickstart.php