[Hpc-forum] gromacs gpu

[Tom Hornos]

Sziasztok!

Jelenleg kialakítás alatt van egy egységes alkalmazás könyvtár és
modul rendszer, amit NIIF Common Environment (NCE)-nek hívnak.

Hamarosan elkészül a hivatalos leírás is. Bátrabbak már most
tesztelhetik. Aktiválni a .bashrc-ben lehet a következő sorokkal:

  module use /opt/nce/modulefiles
  module load nce/global
  module load niif/budapest

Szegeden az utolsó sort

  module load niif/szeged

-re kell cserélni. Lépjetek ki és újra be vagy source .bashrc. Az SGI
gépeken még ne próbálkozzatok.

Az AMD-s gépeken telepítésre kerül a GNU fordítók 4.7.2-es változata.
A fordítókat így kell betölteni:

  module load nce/niif/gnu

A környezet állapotáról az 'nce' parancs ad felvilágosítást. Az
elérhető modulok listája:

  module avail

Betöltött modulok listája:

  module list

A modulokat csak betölteni kell, a függőségek automatikusan
feloldódnak. További info: http://modules.sourceforge.net/


Dinamikus linkeléshez a következő beállításokat kell használni:

  CFLAGS=${NCE_CFLAGS} LDFLAGS=${NCE_LDFLAGS} ./configure ...

vagy a makefile-ban ezeket kell beállítani. Az NCE változók egy alap
javaslatot tartalmaznak.


Statikus linkeléshez az LDFLAGS változóban expliciten meg kell adni a
könyvtárak elérését. Egy modulról információt így kérhettek:

  module show acml

Az előbbi példa megmutatja az AMD ACML csomag környezeti beállításait.
Az NCE_STATIC_LDFLAGS tartalmazza a javasolt statikus beállításokat.
Ha ennél is több kell, akkor a _HOME végű változók megmutatják hova
van telepítve a csomag.

Pl. az ACML könyvtárakat itt éritek el:

  module load acml
  ls $AMD_ACML_HOME

és a legfontosabb, Fork me on Github!

https://github.com/NIIF/nce

PS: CP2K és Gromacs teszt jobokat (inputokat) küldjetek vagy a
Github-on osszátok meg! Köszönjük!

Üdv
-- 
Tom Hornos, PhD
NIIF Intézet

GPG: https://dl.dropbox.com/u/14292474/BF698BDE.asc
Howto: http://www.enigmail.net/documentation/quickstart.php