[Hpc-forum] SIESTA lefordítása

[Rőczei Gábor]

Kedves Péter,

Ezen leírás (http://www.mail-archive.com/siesta-l@uam.es/msg04389.html) alapján készítettem Neked egy arch.make fájlt:

roczei at service0:~/siesta-3.1/Src> cat arch.make
# This is a dummy arch.make
# You should not compile Siesta in this directory.
# See Obj/README
#

.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-linux-Intel_MPI

FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

MKLPATH=/opt/intel/mkl/lib/intel64/

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-I/opt/intel/mkl/include/ -I/opt/intel/mkl/include/intel64/lp64/
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT

COMP_LIBS=dc_lapack.a

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=
MPI_INCLUDE=/opt/sgi/mpt/mpt-2.04/include
MPI_LIBS =-L/opt/sgi/mpt/mpt-2.04/lib -lmpi
DEFS_MPI=-DMPI
DEFS= $(DEFS_MPI)

LIBS=-Wl,--start-group $(MKLPATH)/libmkl_blas95_lp64.a \
$(MKLPATH)/libmkl_lapack95_lp64.a $(MKLPATH)/libmkl_scalapack_lp64.a \
$(MKLPATH)/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a $(MKLPATH)/libmkl_intel_lp64.a \
$(MKLPATH)/libmkl_sequential.a $(MKLPATH)/libmkl_core.a -Wl,--end-group \
-lpthread -lm

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
	$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F) $(DEFS) $<
.F90.o:
	$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $(DEFS) $<
.f.o:
	$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
	$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

roczei at service0:~/siesta-3.1/Src> 

Ma több időt nem tudok ezzel foglalkozni. Légyszives próbáld meg ezzel.

Hozzáadtam a CC-hez a hpc-forum-ot is, hátha valaki más is használ Siesta-t és tudja hogyan kell lefordítani.

Gábor


On 2012.09.28., at 14:59, Süle Péter wrote:

> 
> Szia !
> 
> Közben megpróbáltam sgi/mpt-2.04/bin/mpif90-el fordítani,
> de így is bajok vannak:
> Simán lefordul, linkelődik, de futáskor:
> 
> /scratch/sule/SIESTA/gr/test/t4/mpirun -np 4 /home/sule/bin/SIESTA/siesta-3.1/Obj/siesta <gr.fdf
> 
> MPI: This application was not compiled with a mpi.h or mpif.h header file from
> SGI's MPT MPI implementation.
> MPI: Global rank 0 is aborting with error code 0.
>     Process ID: 10995, Host: service0, Program: /mnt/nfs1/home/sule/bin/SIESTA/siesta-3.1/Obj/siesta
> 
> MPI: --------stack traceback-------
> MPI: This application was not compiled with a mpi.h or mpif.h header file from
> SGI's MPT MPI implementation.
> MPI: This application was not compiled with a mpi.h or mpif.h
> 
> a következőt használtam:
> Compiler flags: /opt/sgi/mpt/mpt-2.04/bin/mpif90 -g -O2 -I/opt/sgi/mpt/mpt-2.04/include
> 
> Elvileg meg kellene találnia az mpi.h és mpif.h file-t
> az /opt/sgi/mpt/mpt-2.04/include helyen. De valami miatt
> nem teszi. Ez nekem rendszer hiba gyanús, vagy más
> nem kód specifikus probléma.
> Ja és volt: mpi-selector --set mpt-2.04
> 
> hely:
> /home/sule/bin/SIESTA/siesta-3.1/Obj/siesta